Родился в рабочей семье, мать была верующей. Окончил среднюю школу в Воронеже (1978). В 1978—1979 работал слесарем-сборщиком в Научно-техническом институте полупроводникового машиностроения (НИИПМ). В 1979—1981 служил в Вооружённых силах. Позднее вспоминал:
Окончил Одесскую духовную семинарию (1984), Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1988).
20 июня 1985 был пострижен в монашество в Троице-Сергиевой лавре с именем Даниил — в честь преподобного Даниила Московского. По его воспоминаниям,
С 3 июля 1985 — иеродиакон, с 28 августа 1986 — иеромонах, с 26 марта 1988 — игумен, с 29 декабря 1989 — архимандрит. С 19 июля 1988 был благочинным Троице-Сергиевой лавры.
Постановлением Святейшего Патриарха и Священного Синода от 6 октября 2001 года Даниилу определено быть епископом Южно-Сахалинским и Курильским. 11 ноября 2001 года в кафедральном соборном храме Христа Спасителя Патриархом Алексием II, митрополитами Крутицким и Коломенским Ювеналием, Солнечногорским Сергием, Волоколамским и Юрьевским Питиримом, архиепископами Истринским Арсением, Венским и Будапештским Павлом, епископами Орехово-Зуевским Алексием, Хабаровским и Приамурским Марком, Дмитровским Александром архимандрит Даниил был хиротонизан во епископа Южно-Сахалинского и Курильского.
Так оценивал ситуацию в епархии и настроения паствы:
Прибыв в епархию, одним из первых своих указов отменил плату за крещение и за венчание, распорядившись ограничиваться лишь пожертвованиями. По его инициативе в епархии не повышались цены на свечи, несмотря на инфляцию — все эти меры связаны с бедностью большинства прихожан. При нём были построены храм на острове Шикотан и часовня в Тятине на острове Кунашир — территориях, на которые претендует Япония. Они стали своеобразными символами российского присутствия на этих островах. В 2004 на Сахалине был открыт филиал Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Филиал Университета был закрыт.
Убеждённый сторонник активизации миссионерской деятельности Русской православной церкви в условиях конкуренции с протестантскими проповедниками, обладающими значительными финансовыми возможностями. Так, вспоминая о первом посещении епархии, он вспоминает:
24 декабря 2010 года назначен на Архангельскую кафедру. Решением Священного Синода от 27 декабря 2011 года назначен главой Архангельской митрополии, в связи с чем 8 января 2012 года в Успенском соборе Московского Кремля патриархом Кириллом был возведён в сан митрополита.