Окончил среднюю школу, служил в армии. В 1974 году поступил в Московскую духовную семинарию, затем — в Московскую духовную академию, которую окончил в 1981 году со степенью кандидата богословия.
4 декабря 1980 года в Троице-Сергиевой лавре пострижен в монашество, 4 января 1981 года рукоположен во иеродиакона, 27 марта 1982 года — во иеромонаха.
29 декабря 1999 года назначен епископом Читинским и Забайкальским, епископская хиротония состоялась 30 января 2000 года в Богоявленском соборе Москвы.
После выделения решением Священного синода от 10 октября 2009 года из состава Читинской епархии самостоятельной Улан-Удэнской и Бурятской епархии епископу Евстафию определено иметь титул Читинский и Краснокаменский.
Волна критики епископа Евстафия прокатилась в первые годы его служения на Читинской кафедре. Она была вызвана запретом в служении бывшего Улан-Удэнского благочинного протоиерея Игоря Арзуманова. Поводом для этого стало письмо некоего юноши, «сироты, прибившегося к церкви», содержащее обвинение благочинного в педофилии. Как показало независимое расследование улан-удэнских журналистов, письмо оказалось подделкой и было сфабриковано завистниками популярного среди прихожан священника.
В 2009 году политика епископа Евстафия в отношении священства Читинской епархии вновь стала предметом критики. Указ правящего архиерея о запрете в служении протоиерея Виктора Ковалева, настоятеля храма Рождества Пресвятой Богородицы в поселке Атамановка под Читой, вызвал дискуссию на сайте информационного агентства «Чита.ру» и в «Живом журнале» диакона Андрея Кураева, который назвал епископа Евстафия «Сталиным в рясе».