По окончании средней школы служил в Вооружённых Силах.
В 1975 году окончил Московский историко-архивный институт и до 1978 года работал старшим научным сотрудником Государственного архива Московской области.
С 1975 по 1990 год — сотрудник Издательского отдела Московской Патриархии; редактор отдела «Проповедь», «Богословского отдела», заведующий отделом «Церковная жизнь»; участник издания круга Миней (тт. 1-12), др. серийных и непериодических изданий.
С 1978 по 1984 год учился в Московской духовной семинарии и Московской духовной академии. Последнюю окончил со степенью кандидата богословия за курсовую работу «Святитель Иов, первый Патриарх Русской Церкви».
28 апреля 1983 года в Троице-Сергиевой лавре был пострижен в монашество, а 28 августа того же года рукоположен во иеромонаха.
В 1984—1989 годах преподавал в Московских духовных семинарии и академии, одновременно был заведующим библиотекой академии и помощником инспектора.
4 декабря 1985 года был возведён в сан игумена.
В 1989—1990 годах — учёный секретарь, преподаватель Киевской Духовной Семинарии
С 1991 года являлся настоятелем возвращённого Русской Православной Церкви Гефсиманского Черниговского скита Троице-Сергиевой лавры.
28 апреля 1995 года Патриархом Алексием II был возведён в сан архимандрита.
20 апреля 2002 года в Храме Христа Спасителя за Божественной литургией была совершена хиротония архимандрита Феофилакта (Моисеева) во епископа Брянского и Севского. По приглашению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в церемонии приняли участие губернатор области Юрий Лодкин и председатель областной Думы Степан Понасов.