Принял монашеский постриг предположительно в Чудовом монастыре.
Самое раннее упоминание об игумене Ионе встречается в монастырской купчей грамоте, датируемой январём 1516 года.
Был архимандритом Чудовского монастыря (1518—1544 по Строеву). Возведение инока Ионы в Чудовские архимандриты совершил Митрополит Варлаам.
В 1522 году являлся поручителем за князя В. И. Шуйского, затем за князей И. М. Воротынского, И. И. Пронского и Ф. М. Мстиславского.
В 1525 году выступал главным обвинителем Максима Грека. Через шесть лет он принимал деятельное участие в соборном разбирательстве дела князя-инока Вассиана (Патрикеева).
В 1533 году участвовал в погребении Великого князя Василия III, проходившего в Архангельском соборе.
В 1539 году был выдвинут кандидатом на Московскую митрополию, но избран не был.
21 февраля 1544 года хиротонисан во епископа Суздальского.
В 1547 году участвовал на соборе, установившем празднование многих русских святых.
Скончался в 1548 году. Погребён в Суздальском соборе.