Родился 31 июля 1961 года в г. Сухуми Абхазской АССР.
В 1977—1982 годы учился на вечернем отделении филологического факультета Абхазского государственного университета; работал экскурсоводом, преподавателем русского языка и литературы в средней школе.
В 1983—1985 годы служил в рядах Советской Армии. После демобилизации поступил в Московскую духовную семинарию и был принят в число братии Троице-Сергиевой лавры. 21 июля 1986 года пострижен в монашество, 7 июня 1988 года рукоположен во иеромонаха.
В 1988 году окончил Московскую духовную семинарию и был направлен на учебу в Софийскую духовную академию (в 1990 г. ей был возвращен статус богословского факультета Софийского государственного университета). В период обучения в Болгарии служил священником в русском храме во имя святителя Николая в Софии.
В 1992 году, завершив учебу, вернулся в Троице-Сергиеву лавру, исполнял послушание помощника эконома. 15 декабря 1992 года был назначен настоятелем Московского подворья Троице-Сергиевой лавры. В мае 1994 года был возведён в сан игумена, а 15 апреля 2000 года — в сан архимандрита.
7 мая 2003 года Определением Священного Синода Русской православной церкви был назначен епископом Саратовским и Вольским. 13 августа того же года в домовом храме Патриаршей резиденции московского Свято-Данилова монастыря состоялось наречение архимандрита Лонгина во епископа. 19 августа 2003 года в храме Христа Спасителя в Москве был хиротонисан во епископа Саратовского и Вольского.
Является ректором Саратовской православной духовной семинарии ? высшего религиозного учебного заведения; председателем редакционного совета журнала «Православие и современность», членом редакционного совета журнала «Альфа и Омега».
Член Общественной палаты Российской Федерации с 2005 года.