В 1981 году окончил среднюю школу.
С 1981 года по 1982 год — медбрат в районной больнице.
С 1982 года по 1989 год — студент Ленинградского педиатрического медицинского института. Получил специальность врача-педиатра.
12 марта 1988 года пострижен в монашество.
С 15 января 1989 года — иеродиакон.
С 6 августа 1989 года — иеромонах и штатный священник Никольского собора Калининграда.
С 3 апреля 1990 года — настоятель Казанской церкви в посёлке Янтарном (Калининградская область).
С 13 января 1991 года — настоятель Серафимовской церкви города Светлогорска (Калинградская область).
С 17 ноября 1992 года — игумен.
С 5 мая 1993 года — настоятель церкви Рождества Богородицы Калининграда.
С 5 мая 1996 года назначен настоятелем строящегося кафедрального собора Христа Спасителя в Калининграде.
Постановлением Патриарха и Священного Синода от 28 декабря 1999 года игумену Меркурию определено быть епископом Зарайским, викарием Московской епархии, Управляющим Патриаршими приходами в США.
С 9 января 2000 года — архимандрит.
5 февраля 2000 года в Богоявленском кафедральном соборе в Москве было совершено наречение архимандрита Меркурия во епископа Зарайского, викария Московской епархии.
6 февраля 2000 года хиротонисан во епископа Зарайского, викария Московской епархии, назначен управляющим Патриаршими приходами в США. Хиротонию, в Богоявленском кафедральном соборе в Москве, совершали: Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II; митрополиты Минский и Слуцкий Филарет (Вахромеев), Патриарший экзарх всея Беларуси, Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков), Смоленский и Калининградский Кирилл (Гундяев), Солнечногорский Сергий, Волоколамский и Юрьевский Питирим; архиепископы Псковский и Великолукский Евсевий, Тверской и Кашинский Виктор; епископы Бронницкий Тихон, Балтийский Пантелеимон, Орехово-Зуевский Алексий, Красногорский Савва.
Экстерном окончил Санкт-Петербургские православные духовные семинарию и академию.
С 7 июня 2007 года — кандидат богословия.
31 марта 2009 года освобожден от обязанностей управляющего Патриаршими приходами в США и назначен председателем Синодального отдела религиозного образования и катехизации.
С апреля 2009 года — настоятель Высоко-Петровского монастыря г. Москвы.
С 27 июля 2009 года член Межсоборного присутствия Русской Православной Церкви.