Став первым за 20 лет в преподавательской корпорации Петербургской духовной академии, кто принял монашество, был неформальным возглавителем «монашеской дружины» — нескольких будущих иерархов Российской Церкви, последовавших его примеру.
Родился в семье потомственного священника, благочинного городских церквей Елатьмы. Мать — дочь священника. В семье было одиннадцать детей, шестеро из которых умерли в возрасте от одного до двенадцати лет. В детстве и юности Михаил много болел. По воспоминаниям современников,
для того, чтобы победить нежелательную сонливость, он ложится спать на сруб колодца; голова — на одной стенке, ноги — на другой. Чтобы выучить не дававшийся ему греческий язык, Михаил, сказавшись больным, на месяц запирается в квартире и затем отлично отвечает в классе.
Рассказ А. Чехова «Архиерей» (1902) навеян образом епископа Михаила, а описание в рассказе судьбы его матери по смерти Преосвященного, видимо, есть точное описание произошедшего с его родительницей.
Окончил Тамбовское духовное училище, Тамбовскую духовную семинарию, Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1884; тема кандидатской работы: «Религиозно-философское мировоззрение философа Гераклита»). Магистр богословия (1888; тема диссертации: «Опыт уяснения основных христианских истин естественной человеческой мыслью. Выпуск 1. Истина бытия Божия.»).
Во время учёбы в Санкт-Петербургской духовной академии подружился с будущим митрополитом Антонием (Храповицким). Епископ Михаил был глубоким знатоком Священного Писания и русской и зарубежной классической литературы (особенно любил труды Ф. М. Достоевского). Увлекался астрономией. Предметом его научных трудов была философия, в том числе Гераклита и Иммануила Канта. Наиболее известная работа епископа Михаила — «Над Евангелием» — представляет собой сборник эссе на библейские темы, содержащие образные пастырские размышления о смысле жизни, о вере, о «творчестве добра в себе и других». По словам протоиерея Александра Меня, «труд этот написан как свидетельство веры, которая черпает из Писания глаголы жизни вечной. Такой подход автор сознательно противопоставляет „внешнему изучению“ Библии».
Один из современников владыки Михаила, Р. Х. Лепер, писал о нём:
Преосвященный Михаил был доступен для всякого. Простой, обходительный, ласковый, он глядел на каждого своими кроткими, проницательными глазами и, казалось, видел душу собеседника. Каждый находил у него доброе слово, умный совет, а близость его, общение с ним приближало душу к Богу. И не тем он действовал благотворно, что навязывал кому-нибудь веру, что желал во что бы то ни стало учить. Нет, еще сам того не сознавая, человек начинал близ него чувствовать, что самое существенное проявление веры — любовь к людям: такая уж атмосфера любви, всепрощения к людям царила около него. Говорил он просто, тихо, сердечно, и кто имел счастье беседовать с ним, тот всегда уносил в своем сердце тихое, теплое чувство: земные тревоги и заботы уходили куда-то прочь.
Будучи архиереем, открывал церковно-приходские школы и вечерние курсы для взрослых, поощрял внебогослужебные собеседования, создавал приходские братства, организовал выпуск журнала «Таврические епархиальные ведомости». Столь активная деятельность привела к дальнейшему ухудшению состояния здоровья епископа, который скончался от туберкулёза. По воспоминаниям митрополита Антония (Храповицкого), «он улыбался среди мучительных страданий: задыхаясь, за несколько минут до смерти он шептал друзьям своим свой последний завет о самоотверженном служении Апостольской церкви».
Был похоронен в левом приделе кафедрального Александровского собора в Симферополе. После разрушения храма в 1930 был перезахоронен у храма Всех Святых в этом же городе.