Родился в семье священника Преображенской Липникской церкви Кирилловского уезда.
В 1906 году поступил Московскую духовную академию. Обучаясь в академии пострижен в монашество и рукоположен во иеромонаха. Окончил академию в 1910 году со степенью кандидата богословия и назначен учителем в Соловецкий монастырь.
С 18 июля 1911 года — преподаватель Тифлисской духовной семинарии.
С 10 сентября 1911 года — преподаватель Саратовской духовной семинарии.
С 28 августа 1912 года — смотритель Петровского духовного училища в Саратовской губернии.
23 апреля 1918 года хиротонисан во епископа Балашовского, викария Саратовской епархии.
В 1919 году — епископ Череповецкий, викарий Новгородской епархии. 1919—1921 годах епархией не управлял.
С 1922 года — епископ Могилевский.
В 1925—1927 годах — епископ Сталинградский.
В 1927 году — епископ Вязниковский.
С мая по сентябрь 1927 года временно управлял Владимиро-Суздальской епархией.
С 1927 по 1928 годы — епископ Владивостокский и Камчатский. В 1928 году из-за ареста епархией не управлял.
20 июля 1929 года посетил Ферапонтов монастырь.
С 16 января 1930 года Нифонт — епископ Череповецкий.
В 1932 году арестован. Упоминается в судебном деле белозерского духовенства 1937 года, по которому было расстреляно около 100 человек в Левашовской пустоши.