Родился в семье дьякона Астраханской епархии. Был женат, имел сына, но в 1869 овдовел.
Окончил Астраханское духовное училище, Астраханскую духовную семинарию (1868), Казанскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1874). В академии был учеником известного православного философа владыки Никанора (Бровковича), который оказал на него значительное влияние — с этим связано и принятие Никифором Каменским монашеского имени Никанор.
Магистр богословия (1879; тема диссертации: «Изображение Мессии в Псалтири»). Доктор богословия (1905; тема диссертации: «Экзегетико-критическое исследование Послания Святого Апостола Павла к евреям»). Почётный член Казанской духовной академии (1893).
С 3 ноября 1868 по 1870 — священник храма в селе Бережновке Царевского уезда Астраханской губернии. Овдовев, поступил в духовную академию.
В 1870—1874 учился в Казанской духовной академии.
В 1974—1879 — законоучитель Казанской учительской семинарии.
С 1879 — протоиерей.
В 1879—1891 — ректор Казанской духовной семинарии. На этом посту уделял основное внимание общеобразовательным предметам, так как полагал, что священник должен обладать широким кругозором.
19 января 1889 года был пострижен в монашество.
С 19 февраля 1889 года — архимандрит.
С 7 марта 1891 года — епископ Чебоксарский, викарий Казанской епархии.
С 16 апреля 1893 года — епископ Архангельский и Холмогорский.
С 10 февраля 1896 года — епископ Смоленский и Дорогобужский.
С 2 января 1899 года — епископ Орловский и Севский.
С 28 марта 1902 года — епископ Екатеринбургский и Ирбитский.
С 26 ноября 1903 года — епископ Гродненский и Брестский.
С 9 декабря 1905 года — архиепископ Варшавский и Привисленский.
С 5 апреля 1908 года — архиепископ Казанский и Свияжский.
По данным автора биографий русских архиереев митрополита Мануила (Лемешевского), владыка Никанор — «редкая даровитая натура, оставившая после себя глубокий след, обладавшая даром прокладывать новые пути; пробуждать и оживлять застоявшуюся жизнь, полная кипучей энергии и глубокого жизненного такта.»
Основал церковно-археологические комитеты в Смоленске и Гродно и церковно-исторические музеи в Орле и Варшаве. Занимался богословскими и историко-археологическими исследованиями. Будучи протоиереем, совершил паломничество на Восток, после чего издал описание своих путевых впечатлений. Автор как капитальных научных, так и популярных трудов по религиозным вопросам, специалист в области экзегетики, опубликовал многочисленные комментарии к книгам Священного Писания. В 1892 издал исследование о Кизическом монастыре Казанской епархии, основанное на обширном архивном материале. Занимался археографической деятельностью: в 1893 опубликовал грамоты Спасо-Преображенского и Кизического монастырей, а в последний год жизни — синодики Свияжского Успенского и Зилантова монастырей.
Во всех епархиях, которыми он управлял, проявил себя энергичным администратором, талантливым проповедником. Будучи правящим архиереем Архангельской епархии в течение менее чем трёх лет, владыка Никанор, по данным митрополита Мануила,
В период служения Орловской епархии занимался просветительной деятельностью, издал под своей редакцией «Описание Орловской епархии средних времён». За недолгое (полтора года) управление Екатеринбургской епархии вместе с одним вогулом (манси) занимался составлением вогульской азбуки и русско-вогульского словаря, лично участвовал в религиозно-нравственных собеседованиях.
Будучи в конце жизни правящим архиереем Казанской епархии, проявил себя сторонником православного богослужения на языках народов Поволжья, вызывавшего недовольство со стороны крайне правых сил. Избирался в члены Совета Казанского отдела Русского собрания.
О любви человека к самому себе. 1898 г. Репринтное издание Православного Свято-Тихоновского Богословского института, 1996 г.