Прославлен в лике святых Русской православной церкви в 2000 году.
Родился в семье священника Михаила и Клавдии Кононовых. Окончил Архангельскую духовную семинарию (1892 год), Санкт-Петербургскую духовную академию (1896 год) со степенью кандидата богословия. На четвёртом курсе академии принял монашество с именем Никодим, в честь преподобного Никодима Кожеезерского. Рукоположен в сан иеродиакона, затем иеромонаха. Магистр богословия.
Духовный писатель, церковный историк. Был автором книг о подвижниках Архангельской и Олонецкой земли, житий преподобных Иова Ущельского и Трифона Печенгского, а также являлся одним из главных составителей многотомного труда «Жизнеописания отечественных подвижников благочестия XVIII-XIX столетий». В 1910 году была опубликована его книга «Старец отец Наум Соловецкий, подвижник-карел». Кроме этого, им были написаны несколько сборников жизнеописаний святых угодников Божиих Санкт-Петербургской и Вологодской епархии, а также подвижников Соловецкого монастыря. Занимался историей старчества. Являлся также автором акафиста святителю Иоанну Златоусту.
Много потрудился в связи с открытием святых мощей святителя Иоасафа Белгородского. В годы служения в Курской епархии им были составлены две молитвы святителю Иоасафу, а также большой труд «Житие, прославление и чудеса святителя Иоасафа». Под руководством епископа Никодима и при его непосредственном участии были изданы три тома консисторских дел, связанных с деятельностью святителя Иоасафа, в Свято-Троицком мужском монастыре воссозданы его покои, музей святителя Иоасафа, обладавший обширным фондом документов.
В 1918 году участвовал в Съезде архиереев юга России в Киеве, после окончания которого через фронт возвратился в Белгород. В своих проповедях он обличал насилие и убийства, совершаемые большевиками.
В праздник Рождества Христова (7 января 1919 года) был арестован ЧК. По просьбе верующих, требовавших отпустить владыку местные чекисты «освободили» его на один день, а просивших за него — арестовали. Одну из групп верующих, протестовавших против ареста епископа, возглавила жена священника, начальница 2-й женской гимназии Мария Дмитриевна Кияновская, которая была сразу же была арестована как «руководительница контрреволюционной демонстрации» и расстреляна. На следующие сутки епископ был повторно арестован и вскоре также расстрелян.
Существует несколько версий расстрела белгородского архиерея. Согласно одной из них, он перед расстрелом благословил производивших расстрел китайцев, которые категорически отказались стрелять в епископа, несмотря на угрозы. Были вызваны другие исполнители казни, к которым владыку вывели в солдатской шинели, чтобы замаскировать его духовный сан.
Тело епископа было брошено в общую могилу. Ежедневно возле этой могилы служились панихиды. После прихода в Белгород Белой армии его мощи были перенесены в Свято-Троицкий мужской монастырь и погребены близ раки святителя Иоасафа Белгородского.
Определением Архиерейского Собора Русской Православной Церкви от 13-16 августа 2000 года был причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских.