Малоросс по происхождению, он родился в конце XVII века, образование получил в Киевской, а затем в московской Заиконоспасской академии.
По принятии монашества, в конце 1720-х годах был настоятелем Белгородского Николаевского монастыря и судьёй духовных дел при Белгородской кафедре
В июле 1731 года был переведён в настоятели Снетогорского монастыря (близ Пскова), а в январе 1734 года назначен был членом Санкт-Петербурогского духовного правления и настоятелем Костромского Ипатьевского монастыря.
Оставаясь в Петербурге, архимандрит Никодим получил в феврале 1736 года перемещение на должность настоятеля московского Новоспасского монастыря, а в июле того же 1736 года был назначен членом св. Синода.
6 декабря 1738 года он был посвящён в епископа Черниговского. Через полтора года, в мае 1740 года его перевели с Черниговской кафедры на Тобольскую в звании митрополита. Однако, получив митрополичье звание, Никодим в Сибирь не поехал, отговариваясь болезнью, и временно остался без епархии, проживая в Москве; митрополитом его, после отказа, перестали называть.
Со вступлением на престол Императрицы Елизаветы Никодиму в сентябре 1742 года снова дали кафедру, назначив его первым епископом новой Санкт-петербургской епархии и поручив ему управление Александро-Невским монастырём.
7-го января 1745 года Никодима переместили, по указу Императрицы, на кафедру епископа Переяславского. Перемещение, кажется, состоялось по его собственному желанию. В Переяславле Никодим заявил себя довольно энергичной деятельностью по исправлению нравов духовенства, искоренению суеверий, заботами о духовном образовании.
Перед кончиной сам роздал все свое имущество без остатка «на поминовение» и донес об этом Св. Синоду. Скончался он 12 июня 1751 года.