Родился в семье священника, окончил среднюю общеобразовательную и музыкальную школы. В 1970 году окончил струнное отделение музыкального училища имени Ипполитова-Иванова (по классу контрабаса). В 1970—1972 годах проходил службу в Советской Армии.
С января 1973 года стал иподиаконом в Богоявленском Елоховском соборе (по апрель 1989 года). В 1973—1976 годах обучался в Московской духовной семинарии, в 1976—1980 годах в Московской духовной академии. По окончании защитил диссертацию на тему «Евангельское учение о Царстве Божием. Его значение для нравственной жизни христианина», был оставлен профессорским стипендиатом на кафедре византологии.
В 1976 году стал послушником в Троице-Сергиевой лавры. 10 мая 1977 года наместник лавры архимандрит Иероним (Зиновьев) постриг его в монашество с именем Сергий (в честь преподобного Сергия Радонежского).
14 мая 1977 года рукоположён патриархом Пименом во иеродиакона. С 1977 года и до смерти Пимена был его старшим иподиаконом и келейником (патриарх умер на его руках).
9 апреля 1989 года рукоположён во иеромонаха и возведён в сан игумена, на Пасху в 1990 году — в сан архимандрита.
В мае 1990 года назначен инспектором Московской духовной академии, был преподавателем гомилетики. В 1991 году участвовал в перенесении мощей Серафима Саровского, а в 1994 году — в обретении мощей святителя Филарета (Дроздова).
6 октября 1995 года Постановлением патриарха и Священного синода архимандриту Сергию было определено быть епископом Новосибирским и Бердским. 9 декабря совершено его наречение во епископа, 10 декабря в день празднования в честь иконы Божией Матери Знамение в Богоявленском кафедральном соборе в Москве Сергий был хиротонисан патриархом Алексием II во епископа Новосибирского и Бердского.
За период пребывания на Новосибирской кафедре уделял много внимания миссионерской работе (в том числе совершались миссионерские поездки на корабле по Оби), строительству храмов и открытию монастырей. Было начало издание епархиальной газеты — «Новосибирский Епархиальный вестник». Епископ Сергий регулярно читал лекции по Священному Писанию Ветхого Завета в Новосибирском Свято-Макарьевском православном богословском институте. По решению Синода параллельно с Новосибирской епархией по октябрь 1997 года епископ Сергий временно управлял Томской епархией. В 1998 году под редакцией епископа Сергия был подготовлен «Сибирский патерик» с жизнеописаниями подвижников, включённых в Собор Сибирских святых. С 1999 года в епархии по благословению епископа Сергия стали проводиться Рождественские образовательные чтения.
4 мая 2000 года составил своё завещание, а 20 октября того же года скончался. По его последней воле был похоронен в ограде кафедрального Преображенского собора в Бердске, второго кафедрального собора Новосибирской епархии.