Родился 12 сентября 1953 года в селе Стодульцы Винницкой области в семье рабочего.
В 1970 окончил общеобразовательную школу в селе Лука-Барская Винницкой области.
С 5 мая 1973 послушник в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре; с 12 сентября иподиакон епископа Рязанского и Касимовского Симона (Новикова).
30 марта 1975 архиепископом Ивановским и Кинешемским Иовом (Кресовичем) был рукоположен во диакона, 6 апреля — во священника, и назначен клириком Преображенского кафедрального собора города Иваново.
8 августа 1975 назначен настоятелем Знаменской церкви в селе Красном Палехского района Ивановской области.
27 мая 1977 принял монашество с именем в честь преподобного Вениамина Киево-Печерского (день памяти — 13(26) октября). 16 декабря того же года зачислен в клир Орловско-Брянской епархии, назначен настоятелем Христорождественской церкви в городе Болхове Орловской области.
С октября 1978 — настоятель храма в посёлке Кромы Орловской области.
В марте 1982 возведён в сан игумена с возложением креста с украшениями.
В 1985 окончил Московскую Духовную Семинарию.
19 мая 1987 — секретарь Орловского епархиального управления и настоятель кафедрального собора; в июне того же года возведён в сан архимандрита.
С января 1989 эконом-строитель Иоанно-Богословского мужского монастыря в селе Пощупово Рязанской епархии.
В декабре 1990 назначен в храм бывшего Николо-Угрешского монастыря, который в 1991 был вновь открыт.
С июня 1992 — наместником Николо-Угрешского монастыря.
В 1999 архимандрит Вениамин открыл при Николо-Угрешском монастыре Православное Духовное Училище, которое в 2000 году было преобразовано в Семинарию.
В 2002 окончил Московскую Духовную Академию. Защитил дипломную работу по кафедре нравственного богословия на тему «Жизнь и труды митрополита Московского и Коломенского Макария (Невского)».
7 мая 2003 определено быть епископом Люберецким, викарием Московской епархии, с оставлением в должности наместника Николо-Угрешского монастыря. Архиерейская хиротония состоялась 14 августа 2003 в храме Христа Спасителя в Москве.
31 мая 2010 года решением Священного Синода назначен правящим епископом Пензенской епархии (с 18 сентября 2009 года, временно управлял епархией).
В 1980 — орденом святого Владимира 3-й степени, в 1988 — тем же орденом 2-й степени.
В 2000 году награжден орденом святого Даниила.
23 сентября 2004 — Орденом Дружбы.
30 марта 2005 — Орденом преподобного Сергия Радонежского (II степерни) в связи с 30-летием служения в священном сане.