Родился в Новгороде. Сын священника Новгородской Петропавловской церкви, что в Панской улице, Онисима Афанасьева.
Вступил в Новгородскую Семинарию 1741-го года, и по окончании курса учения пострижен в монашество 11-го апреля 1758-го года; потом был учителем низших классов Семинарии.
Будучи учителем поэзии, он определён экзаменатором при викарии Новгородском и вскоре отправлен в Испанию, при миссии.
По возвращениии, в 1766-м году, 20-го сентября, возведён в сан архимандрита Николо-Вяжищского монастыря, и первый из архимандритов отправлял чреду священнослужения и проповеди слова Божия в Санкт-Петербурге.
В 1770-м году переведён из Вяжицкого в Иверский монастырь.
8 мая 1775 года назначен в Юрьевский монастырь.
3 июля 1782 года в Санкт-Петербугском Казанском соборе хиротонисан во епископа Олонецкого и Каргопольского, викария Новгородской епархии.
С 22 сентября 1783 года — епископ Владимирский.
5-го апреля 1797-м года пожалован орденом св. Анны I степени.
Из жизни епископа Виктора современники передают следующий случай. Однажды император Павел I приехал во Владимир и отправился в собор, в котором находились мощи благоверных князей Бориса и Глеба, открытые благоверным великим князем Андреем Боголюбским. Император был поражён полной сохранностью мощей. После осмотра собора Павел I обратился к епископу Виктору, сопровождавшему его, и сказал: «Здравствуй, архиепископ», показывая этим, что преосвященный возведён в сан архиепископа. В этот момент владыка Виктор обратился к императору с просьбой не переводить его в Суздаль. Император Павел рассердился и при прощании резко сказал владыке: «Прощай, епископ», что означало лишение награды, и он остался в прежнем сане епископа. В документах об этом сказано, что преосвященный Виктор архиепископом был всего лишь пять минут.
С 6 мая 1788 года — епископ Суздальский и Владимирский с местопребыванием в городе Суздале. С 16 октября 1799 года — епископ Владимирский и Суздальский.
На епископа Виктора поступали жалобы за жестокое и несправедливое обращение с подчинённым духовенством. На основании этих жалоб 24 февраля 1800 года он был уволен от управления епархией со всей консисторией «на смирение» с пребыванием в Новгородском Юрьевском монастыре с пенсиею по 1000 рублей в год, затем переведен в Хутынский монастырь. Впрочем, он не был лишён епископского сана и совершал в обители архиерейское богослужение, а также состоял в переписке со многими известными иерархами своего времени: митрополитом Новгородским Гавриилом (Петровым), митрополитом Московским Платоном (Левшиным), святителем Тихоном Задонским.
Скончался 29 марта 1817 года в Хутынском монастыре (по Строеву — Юрьевом). Погребён в паперти соборной Георгиевской церкви.