Родился 26 ноября 1968 года в селе Невир Любешовского района Волынской области в православной семье.
В 1984 году закончил сельскую восьмилетнюю школу и поступил в Пинский сельскохозяйственный техникум, по окончании которого в 1988 году был призван в армию.
В 1990 году поступил в Волынскую духовную семинарию.
В 1992 году епископом Луцким и Волынским Варфоломеем (Ващуком) пострижен в монашество с именем Владимир в честь священномученика Владимира (Богоявленского), митрополита Киевского и Галицкого. В том же году рукоположен в сан диакона. Нёс послушание в Свято-Успенском Зимненском женском монастыре.
В 1994 году поступил в Варшавскую духовную академию. В том же году в Свято-Успенской Киево-Печерской лавре был рукоположен митрополитом Киевским и Украины Владимиром (Сабоданом) в сан священника.
С 1994 года нёс послушание преподавателя и воспитателя в Варшавской православной духовной семинарии.
В 1999 году возведен в сан игумена.
В 2000 году награждён крестом с украшениями.
В 2003 году митрополитом Владимиром (Сабоданом) возведён в сан архимандрита и назначен наместником Спасо-Преображенского Новгород-Северского мужского монастыря Черниговской епархии.
Священный Синод Украинской православной церкви 10 июня 2007 года постановил совершить архиерейскую хиротонию архимандрита Владимира (Мельника) и назначить его управляющим Шепетовской и Славутской епархией, выделенной из состава Хмельницкой епархии согласно решению Священного Синода от 31 мая 2007 года.
Архиерейская хиротония владыки состоялась 11 июня 2007 года в Успенском соборе Киево-Печерской лавры.