Дебютировал в марте 1993 года.
В сентябре 1997 года нокаутировал чемпиона мира во 2-м легчайшем весе по версии WBC Дэниела Сарагосу.
В сентябре 1998 года нокаутировал Джуниора Джонса.
В феврале 2000 года Моралес победил раздельным решением судей Марко Антонио Барреру.
В сентябре 2000 года состоялся бой за временный титул WBC в полулегком весе между Эриком Моралесом и Кевином Келли. Полноценный чемпион Гути Эспадес был травмирован. В середине 5-го раунда Моралес прижал противника к канатам и провел двойку в челюсть. Затем мексиканц выбросил правый кросс в корпус, левый кросс в голову и правый хук в челюсть. Келли упал на настил. Он поднялся на счет 7. Моралес попытался добить противника, но безуспешно - Келли смог отбегаться. В середине 7-го раунда мексиканец начал безостановочно бомбить хуками челюсть противника. Келли зашаться и в итоге рухнул на канвас. Он поднялся на счет 9. Моралес кинулся его добивать. Американец начал спасаться. Он прижался к канатам и стал принимать удары на блок. В конце раунда Моралес провел левый хук в голову, затем правый и еще два подряд левых. Келли немного зашатался, и тут рефери встал между противника и прекратил подединок. Американец был недоволен остановкой.
В феврале 2001 года Моралес победил чемпиона мира в полулёгком весе по версии WBC Гути Эспадаса младшего.
В июне 2002 года в реванше Марко Антонио Баррера победил Эрика Моралеса. После этого боя Моралес поднялся в полулёгкий вес.
В ноябре 2002 года в бою за вакантный титул WBC в полулёгком весе Моралес победил Поли Айялу.
В феврале 2004 года Моралес победил чемпиона мира в полулёгком весе по версии WBC Хесуса Чавеса.
В июле 2004 года он победил Карлоса Эрнандеса.
В ноябре 2004 года Моралес в 3-й раз встретился с Марко Антонио Баррера. Решением большинства судей Баррера победил.
В марте 2005 года Эрик Моралес встретился с филиппинец Мэнни Пакьяо. Бой был открытым и получился очень зрелищным. В середине 5-го раунда произошло столкновение головами, в результате чего филлипинец получил рассечение над левым глазом. Рефери приостановил бой, и вызвал врача. Доктор осмотрел боксера и разрешил продолжить бой. По окончании поединка судьи единогласным близким решением объявили победетилем Моралеса.
В сентябре 2005 года мексиканец неожиданно проиграл Захиру Рахиму.
В январе 2006 года состоялся реванш между Эриком Моралесом и Мэнни Пакьяо. В конце 10-го раунда Пакьяо провел левый кросс в голову, и Моралес упал на канвас. Он с трудом встал на счет 9. Пакьяо сразу же выбросил серию ударов в голову, после которых Моралес во 2-й раз упал. На этот раз рефери считать не стал, и сразу же остановил бой. Моралес не спорил.
В ноябре 2006 состоялся 3-й бой между Эриком Моралесом и Мэнни Пакьяо. В середине 2-го раунда Моралес пошел в атаку и пропустил встречный правый хук в челюсть, после чего опустился на колено. Он сразу же поднялся. Пакьяо не стал форсировать события. Последние 10 секунд раунда прошли в жестком размене. В середине 3-го раунда Пакья выбросил коротки правый хук в челюсть. Моралес пошатнулся. Пакьяо зажал его у канатов и выбросил несколько серий в голову. Моралес смог уйти от канатов, и спиной пошел через весь ринг. Пакья провел серию в голову, а затем выбросил левый хук в челюсть. Моралес упал. Он поднялся. Пакья кинулся его добивать, но Моралес принялся контратаковать. Оба пошли в размен, в котором больше преуспел филиппинец. Вскоре мексиканец перестал отвечать на удары, и лишь пытался уходить от атак Пакьяо. Он вновь пошел спиной через ринг. Пакьяо правым кроссом пробил ему прямо в челюсть. Моралес сел на канвас. Затем слегка покачав головой, он поднялся. Рефери к тому времени уже досчитал до 10, и остановил бой.
В августе 2007 года Моралес вышел на бой против чемпиона мира в лёгком весе по версии WBC Дэвида Диаса. Диас победил по очкам. После боя Моралес объявил о завершении своей карьеры.9 апреля 2011 года Эрик Моралес потерпел поражение от средневеса Маркоса Майданы решением большинства судей.