И. В. Ермакова родилась в Москве в 1952 году. С 1961 по 1968 год училась в школе № 23 с изучением ряда предметов на английском языке, а с 1968 по 1970 год — в биологическом классе школы № 135. В школьные годы посещала зоопсихологический кружок при Дарвинском музее, Всесоюзное Общество Охраны Природы (ВООП) под руководством известного биолога Петра Петровича Смолина
В 1972 году поступила на Биологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова. В 1978 году стала аспиранткой Института общей и педагогической психологии. В 1981 году защитила кандидатскую диссертацию по теме «Следовые процессы в зрительном анализаторе человека при произвольном запоминании точечных световых раздражителей», работа была посвящена изучению произвольной и непроизвольной памяти при воздействии зрительных стимулов на человека. В 2001 году в Институте высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН защитила докторскую диссертацию «Компенсаторно-восстановительные процессы при внутримозговой трансплантации незрелой нервной ткани», в которой описала функциональные особенности мозговых стволовых клеток при трансплантации в мозг животных незрелой нервной ткани. Многочисленные исследования показали, что этот тип стволовых клеток образуется в разных структурах головного мозга животных и человека, опровергая тезис о том, что «нервные клетки не восстанавливаются»
В 1989—2005 И. В. Ермакова проводила совместные исследования с иностранными коллегами с краткосрочными визитами (до 3-х месяцев) в Чехословакии, США, Великобритании, Швеции.
Начиная с 2005 года И. В. Ермакова экспериментально исследует воздействие одного из сортов генно-модифицированной сои (RR, линия 40.3.2) на здоровье крыс и их потомства. Согласно утверждениям Ермаковой, кормление крыс генно-модифицированной соей привело к ряду отрицательных физиологических эффектов. Ермакова выдвигает предположение о том, что причиной негативного эффекта ГМО может быть несовершенство применяемых технологий при их создании (по её мнению, широкое использование и неправильное введение векторной плазмиды фитопатогенной почвенной бактерии, индуцирующей образование корончатых галлов у растений).
В 2005 году Ермакова на XI гастроэнтерологической неделе в Российской Академии Государственной службы и в Германии на конференции «Эпигенетика, трансгенные растения и оценка риска» обратилась к научной общественности с просьбой повторить её исследования c генно-модифицированной соей или другими культурами. Обращение с просьбой повторить эксперименты заинтересовало журналистов. Это привело к тому, что информация об экспериментах появилась в СМИ.
В 2007—2009 годах Ермаковой удалось привлечь к работе сотрудников двух институтов РАН, а также Института Российской Академии медицинских наук (РАМН). В этих институтах проверяли влияние генно-модифицированной сои не только на лабораторных крысах, но и на мышах и хомячках Кэмпбелла. По утверждению И. В. Ермаковой, ГМ-соя (RR, линия 40.3.2) негативно влияла на половые органы и репродуктивные функции животных, приводила к нарушению гормонального баланса, бесплодию, образованию опухолей. В подтверждение были опубликованы сообщения в российском журнале, не входящем в перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий), а также статья в журнале Nature Biotechnology. Публикация в Nature Biotechnology вызвала интерес учёных из разных стран мира, а также стала объектом критики.
С докладами по проблеме генно-модифицированных организмов и результатов своих экспериментов Ермакова побывала на конференциях в Германии, Италии, Швейцарии, Норвегии, Японии, Индии, Португалии, Турции, Бельгии, Белоруссии, на Украине, в Молдавии, неоднократно выступала по ТВ и радио. В марте 2011 года она дала продолжительное интервью об опасности ГМО в интернет-передаче «Как на духу» в США.
И. В. Ермакова имеет 215 публикаций, из них 52 по проблемам экологической и продовольственной безопасности, была участницей 110 международных и отечественных конгрессов, съездов и конференций. К настоящему времени Ермаковой было опубликовано 3 книги-брошюры и 27 статей по проблеме ГМО в отечественных и иностранных изданиях. Однако только одна из публикаций по проблемам экологической безопасности была сделана в авторитетном научном издании, остальные либо являются публицистикой, либо опубликованы в неавторитетных изданиях.
И. В. Ермакова с 1998 года принимает активное участие в общественных экологических организациях. С ноября 2006 года по 2009 год являлась вице-президентом по здравоохранению Общенациональной Ассоциации генетической безопасности. В настоящее время является членом Экологической женской Ассамблеи при ООН, членом общественного экологического движения «Кедр», членом Академии Геополитических проблем и Международной общественной Академии экологической безопасности и природопользования, международным независимым экспертом от России в Комитете НАТО «Наука за мир и безопасность». В 2010 году при поддержке Комитета НАТО и Академии геополитических наук была организатором международного рабочего совещания в Москве по экологической безопасности и экотерроризму, на котором рассматривались вопросы воздействия химических, физических и биологических факторов на Окружающую среду и живые организмы.
За активную работу в экологическом движении и принципиальную позицию И. В. Ермакова была награждена: