Родился в семье художника и фотографа Митрофана Мичурина. Мать Анфиса Дмитриевна, назвала сына в честь святого Ермингельда. В 1897 году Мичурин с серебряной медалью окончил Санкт-Петербургский институт гражданских инженеров и поступил в строительное отделение Нижегородского губернского правления. В 1910 году был назначен главным архитектором Нижегородской ярмарки. За участие в строительстве здания Государственного банка был награждён орденом Святого Станислава III степени.
Дед Ермингельда Кириак Климентьевич был помощником губернского архитектора, руководил земляными работами при прокладке Зеленского и Похвалихинского съездов, строительстве казарм, ремонте ярмарочных мостов и зданий. Отец, Митрофан Кириакович, основал и много лет был председателем Нижегородского общества поощрения художеств и школы живописи при нём.