Родился в 1765 г. 10 апреля 1777 г. записан в службу вахмистром в Смоленский драгунский полк и 2 марта 1789 г. переведён сержантом в Херсонский гренадерский полк.
Под руководством А. В. Суворова принял участие в войне с турками; произведён в прапорщики за отличие при штурме Измаила 11 декабря 1790 г. и в подпоручики — за сражение при Мачине 28 июня 1791 г. Последовавшая затем война с Польшей, доставила ему следующие два чина за боевые отличия.
В 1806 г. он участвовал в военных действиях на Кавказе против Аварского хана, когда был ранен. В кампании 1806—1807 гг. против французов отличился при Гейльсберге, и 4 декабря 1807 г. назначен в чине майора командиром Перновского мушкетёрского полка (в подполковники произведён 12 декабря того же года). По окончании войны с Францией Керн принял участие в русско-шведской войне 1808—1809 гг.
Однако 29 декабря 1809 г. уволен с полным пенсионом и мундиром из-за расстроенного здоровья и до конца не оправившись от ран, полученных ещё в боях с лезгинами. Вернувшись на службу 30 марта 1811 г., Керн сразу получил в командование 48-й егерский полк. 16 апреля 1812 г. был назначен командиром Белозерского пехотного полка.
Отечественная война 1812 года и Заграничные походы 1813 и 1814 гг. вновь дали Керну возможность проявить свою храбрость и боевые таланты. В 1812 г., находясь в авангарде, он прикрывал отступление 1-й армии от Вильны к Дриссе и доблестно участвовал в сражениях под Смоленском и при д. Гедеоновой. В Бородинском бою Керн был выслан к д. Утице на подкрепление левого фланга и, участвуя в контратаке Тучкова, был ранен в ногу; за отличие произведён 21 ноября 1812 г. После сражения при Тарутине он был назначен в авангард Милорадовича и особенно отличился в сражених при Вязьме и под Красным. За отличие при Вязьме Керн был награждён чином генерал-майора (18 июля 1813 г. со старшинством от 22 октября 1812 г.), орденами св. Анны 2-й степени и св. Владимира 4-й и 3-й степеней. Совершив затем поход 1813—1814 гг., Керн был комендантом немецкого города Мейсен, под Бауценом командовал отрядом, действовавшим против неприятельской кавалерии, участвовал в «Битве народов» под Лейпцигом, был военным губернатором Касселя и за штурм Монмартра был награждён 18 марта 1814 г. орденом св. Георгия 4-й степени за № 2883.
Затем Керн последовательно занимал должности командира 3-й бригады 17-й пехотной дивизии (с 1 июня 1815 г.), начальника 15-й пехотной дивизии, командира 2-й бригады 25-й пехотной дивизии, начальника 11-й пехотной дивизии. Перемещённый 25 июля 1820 г. на должность начальника 2-й пехотной дивизии, Керн занимал затем должность коменданта в Риге (с 26 сентября 1823 г. по 20 июля 1827 г.) и Смоленске (с 29 февраля 1828 г.). 14 апреля 1829 г. он был произведён в генерал-лейтенанты и 17 ноября 1837 г. уволен в отставку.
Умер 8 января 1841 г.
Керн был женат (c 1817 г.) на А. П. Полторацкой, героине одного из увлечений Пушкина, и послужил поэту прототипом князя Гремина в «Евгении Онегине». Сама Анна Керн в своём дневнике писала о муже: «Его невозможно любить — мне даже не дано утешения уважать его; скажу прямо — я почти ненавижу его». Позже это выразилось и в отношении к детям от совместного с генералом брака — Анна была к ним достаточно прохладна (дочери её Екатерина и Анна, родившиеся в 1818 и в 1821 годах соответственно, воспитывались в Смольном институте).