Начинал свою футбольную карьеру Эрнесто в в «Алавесе».
Довольно широкую известность приобрел выступая за «Эспаньол» и «Атлетик» из Бильбао.
Провел 2 сезона в «Барселоне», с которой выиграл Кубок Испании и Кубок Кубков.
В 1997 году, будучи футболистом «Мальорки», Вальверде решил закончить карьеру футболиста и начать тренерскую практику.
Тренерская карьера
В 1997 году новоиспеченный тренер приступил к тренировкам молодежной команды «Атлетика» из Бильбао, чуть позже перешел в тренерский штаб основной команды, где сумел добиться с командой пятого места.
С 2006 года тренировал «Эспаньол». Наилучшее достижение с этим клубом — выход в финал Кубка УЕФА, в котором потерпел поражение от «Севильи» в серии пенальти.
В 2008 году Эрнесто переехал в Грецию, где приступил к работе с местным «Олимпиакосом». Считается, что Вальверде стал самым высокооплачиваемым тренером в греческом футболе.
С 2009 года являлся главным тренером клуба «Вильярреал», выступающего в испанской примере. Уволен с поста главного тренера «Вильярреала» 31 января 2010 года.