Эрнст Фридрих был старшим сыном герцога Эрнста Саксен-Гильдбургхаузенского (1655—1715) от его брака с Софией Генриеттой (1662—1702), дочерью князя Георга Фридриха Вальдека.
Мать уделила особое внимание образованию сына, он даже совершил джентльменский тур по Голландии, Англии и Франции. В юности Эрнст Фридрих служил в Нидерландах в армии императора. В чине полковника он участвовал при осаде Теннинга, в звании генерала от кавалерии - в битве при Шелленберге. Во время войны за Испанское наследство он был ранен в руку в битве при Хёхштедте. В связи с участием в кампании в Нидерландах Эрнст Фридрих назвал своего первенца "Hollandinus". В 1708 году он стал императорским генерал-вахмистром, в 1709 году был назначен генерал-майором Генеральных штатов. В 1721 году император Карл VI сделал герцога фельдмаршал-лейтенантом императорской армии.
В 1715 году после смерти своего отца Эрнст Фридрих ушел из армии и возглавил правительство герцогства. Из-за желания превзойти великолепие и пышность дворца короля Франции Людовика XIV, он, как и многие немецкие князья, столкнулся с серьезными финансовыми трудностями. Из-за невыносимого налогового бремени в 1717 году в стране вспыхнуло открытое восстание. Эрнст Фридрих начал разработку солончаков в Линденау, а также в Нойштадте в Гильдбургхаузене. Здесь в 1723 году он основал Общество французской реформаторской церкви.
Эрнст Фридрих постоянно нуждаясь в деньгах, взимал налоги и продавал города. Среди них оказалось графство Кулемборг, приданое его матери или жены. Округ был продан в 1720 году Генеральным Штатам за 800000 гульденов, но не в целях погашения долгов, а для постройки каналов для садов в его дворце. Кроме того, в 1723 году был окончательно продан город Шалькау герцогству Саксен-Мейнинген. Однако продажа без согласия его жены была признана незаконной, что привело к войне с Саксен-Мейнингеном. Земля была оккупирована армиями обоих герцогств, и в конце войны обе страны были опустошены и разрушены.
4 февраля 1704 года в Эрбахе Эрнст Фридрих женился Софии Альбертине (30 июля 1683, Эрбах - 4 сентября 1742, Айсфельд), дочери графа Георга Людвига I Эрбах-Эрбах и его жены графини Амалии Катарины Вальдек-Айзенберг. У них было четырнадцать детей.