Родился в Хайдельберге, в семье доктора философии Эрнста Георга Юнгера. Отец, имевший докторскую степень по химии, оставил академическую карьеру, и семья переехала в Шварценберг (Саксония), где Юнгер-старший стал владельцем аптеки. С 1901 по 1913 год Эрнст Юнгер учился в закрытой школе в Ганновере. В 1913 году убежал из дома, чтобы вступить во Французский Иностранный легион. Отец воспользовался дипломатическими каналами, чтобы его вернуть. Вместе с братом, Фридрихом Георгом Юнгером, участвовал в движении «Вандерфогель». Группа была известна как голос недовольной молодежи среднего класса. и её участие в пеших прогулках по Германии было жестом протеста. По возвращении Юнгер заключил с отцом договор, по которому он должен был закончить свое обучение перед тем, как принять участие в экспедиции на Килиманджаро.
На фронте с декабря 1914 по ноябрь 1918 гг. В августе 1914 года досрочно сдает экзамены, поступает в Гейдельбергский университет и записывается в 73-й ганноверский полк. С декабря 1914 года участвует в боевых действиях в качестве рядового солдата, после прохождения офицерских курсов командует взводом, потом ротой. Участвовал в сражениях при Сомме, Лангемарке, Битве при Камбре, в наступлении весной 1918г. Впервые был ранен в бою под Жилльмоном. Всего за годы первой мировой Юнгер был ранен 14 раз. Из них трижды получая двойное ранение, в том числе сквозное пулевое ранение головы (лоб-затылок), сквозное пулевое ранение левой стороны грудины, сквозное ранение правой стороны грудины, отрыв фаланги мизинца левой руки, отрыв фаланги указательного пальца левой руки (результат воздействия английских гранат). "Когда скучаешь лежа, ищешь всякие способы развеяться; так, однажды я проводил время, подсчитывая свои ранения. Я установил, что, не считая таких мелочей, как рикошеты и царапины, на меня пришлось в целом четырнадцать попаданий, а именно: пять винтовочных выстрелов, два снарядных осколка, четыре ручных гранаты, одна шрапнельная пуля и два пулевых осколка, входные и выходные отверстия от которых оставили на мне двадцать шрамов. В этой войне, где под обстрелом были скорей пространства, чем отдельные люди, я все же удостоился того, что одиннадцать из этих выстрелов предназначались лично мне. И потому я по праву прикрепил к себе на грудь знак за ранение в золоте, присужденный мне в эти дни". Вернувшись на фронт в ноябре, назначается в дивизионную разведку и получает ранение под Сен-Пьер-Ваастом. В январе 1917 года награждён Железным крестом. В ноябре 1917 года награжден Рыцарским крестом Ордена дома Гогенцоллернов (второй по значимости орден за военные заслуги Германии, - см. фото справа, - он у Юнгера висит на правой стороне мундира на ленте) за взятие в плен 7 ротой которой он командовал, в количестве 80 человек, более 200 английских солдат. В августе 1918 года полк предпринимает наступление вблизи Камбре. Несмотря на окружение, Юнгер, имея сквозное ранение в грудь, спасает свою роту от окружения. За проявленное мужество и самоотверженность перед лицом врага, будучи командиром единственного подразделения, которое смогло избежать пленения, Юнгер, в сентябре 1918 года, был удостоен ордена «Pour le M?rite» — высшей военной награды Кайзеровской Германии. После войны служил лейтенантом в армии Веймарской республики до демобилизации в 1923 года. Юнгер считается одним из создателей германских ударных войск и их тактики.
Во время войны пишет свою первую и самую популярную книгу «В стальных грозах» («In Stahlgewittern»). Издаёт её за свой счёт в 1920 году. Это произведение считалось в двадцатые годы образцовым в своем жанре и ценилось как милитаристами, так и пацифистами.
1921—1923 годы — офицер в Рейхсвере, работал над новым руководством по подготовке пехоты, читал Шпенглера и исследовал мир демонологии и необычные возможности, предлагаемые различными психоактивными веществами. С 1921 по 1925 год в Лейпциге изучает зоологию и слушает философию у Крюгера.
В 1920 году появилась его книга «В стальных грозах», вторая книга «Борьба как внутреннее переживание» (издана в 1922 году) описывает войну в более широком масштабе, также пишет роман «Буря».
В 1925 году уходит в отставку, в 1926 году оставляет учёбу в университете, в 1927 году переезжает в Берлин, где завязывает контакты с консервативно-революционным движением. Пишет статью для национал-социалистической газеты V?lkischer Beobachter («Народный обозреватель») под названием «Revolution und Idee» («Революция и идея»), в которой проповедует революционный национализм и необходимость диктатуры. Также пишет в «Штандарты», «Арминий», «Наступление». Сотрудничает с Фридрихом Хильшером, Эрнстом Никишем.
З августа 1926 года женится. Их первый сын, Эрнст, рождается 1 мая 1926 года. В 1934 году рождается их второй сын, Александр.
Наряду с созданием множества политических очерков для различных журналов, Юнгер привнёс большой элемент политики в свои книги о войне. Третье издание «Стальных гроз» было выполнено в стиле радикального национализма, а в книгах «Лесок 125» (Das W?ldchen 125) и «Огонь и кровь» (Feuer und Blut) военный опыт ставится на службу радикальному революционному техницистскому национализму, осмысленному в рамках тоталитарной структуры. Большой очерк «Рабочий» (Der Arbeiter, 1932) является кульминацией тоталитарных взглядов этого периода жизни, однако, к тому же времени Юнгер начинает разочаровываться в политике.
После первой мировой войны Эрнст Юнгер вместе с братом Фридрихом Георгом увлекается идеями национал-социализма. В частности, он посвящает экземпляр «Огня и крови» Гитлеру («dem nationalen F?hrer Adolf Hitler»), который даже назначил встречу с ним, неожиданно отмененную в последний момент). С приходом Гитлера к власти Юнгер начинает относиться к НСДАП с растущей дистанцией, отвергая предложения о месте в избирательном списке НСДАП и оскорбительно отзываясь о Геббельсе, впрочем, сохраняя свои взгляды. Противодействие попыткам национал-социалистов заявить свои права на получившего к тому времени известность автора книг о войне выразилось и в отказе Юнгера в 1933 году от места в подвергнутой чистке Поэтической академии (Dichterakademie) и, как следствие, обыском гестапо в его доме. Несмотря на свободомыслие Юнгера, он остаётся неприкасаемым, поскольку Гитлер испытывает к нему пиетет, как к герою Первой мировой войны, участником которой Гитлер был сам.
Он пишет собрание очерков «Листки и камни» (Bl?tter und Steine, 1934), где скрыто критикует расизм нацистов, роман «Африканская игра» (Afrikanische Spiele, 1936), значительно изменяет «Сердце искателя приключений» (Das abenteuerliche Herz, 1938) и, наконец, создает роман «На мраморных скалах» (Auf den Marmorklippen). Этот роман фигурой главного лесничего (Oberf?rster) принято понимать как критику нацистского режима. Книга критиковалась за эстетизацию насилия.
На Вторую мировую войну призывается в чине капитана, Юнгер был назначен командиром пехотной роты XIX полка. С ноября 1939 по май 1940 года его рота находилась на Западном валу вдоль франко-германской границы, вначале в Грефферне, затем в Иффецгейме.
Более того, действия Юнгера сводились лишь к отстраненному наблюдению. В 1941 году, после периода несения караульной службы со своей ротой в Париже, Юнгер переводится в штаб генерала Карла фон Штюльпнагеля, командующего германской армией во Франции. Юнгер работал в отеле Мажестик, а жил в соседнем отеле Рафаэль. Он отвечал за работу над операцией «Морской лев», занимаясь цензурой писем и отслеживая связи между армией и партией. Зимой он начинает работу над первым черновым вариантом книги «Мир» (Der Friede). После публикации в 1942 году книги «Сады и Улицы» (Garten und Strassen) и быстрого перевода её на французский язык под названием Jardins et Routes, Юнгер приобретает много почитателей в Париже и сближается с деятелями Сопротивления.
Он был знаком со многими участниками заговора Штауфенберга, и только личная протекция Гитлера спасла его от их участи, но из армии он всё же был уволен. 19 ноября 1944 года погиб его сын Эрнстель, по приговору военного трибунала направленный в дисциплинарный батальон. Когда он нашёл дневник сына, на первой странице он прочёл: «Далеко заходит тот, кто не знает куда идти…»
В 1945 году, стала широко известна книга Юнгера «Мир», сам же он оставался в Кирххорсте. В качестве командира местного народного ополчения он настоял, чтобы его оборванная милиция не сопротивлялась американскому наступлению.
Союзники после оккупации Германии наложили запрет на издание его книг, который был снят только в 1949 году.
В 1950 году переселился в городок Вильфлинген в Нижней Швабии.
Первые его работы появились вне Германии: «Мир» в Амстердаме в 1946 году, «Поездка по Атлантике» (Atlantische Fahrt) — в Лондоне для германских военнопленных в 1947 году и дневники путешествий «Из золотой раковины» (Aus der goldenen Muschel) — в Цюрихе в 1948 году. Кроме того, Юнгер отказался заполнить анкету по денацификации, что не ускорило снятие запрета.
В 1949 году военные дневники Юнгера были опубликованы под названием «Излучения» (Strahlungen) [впоследствии переделывались], также вышел квазифантастический роман «Гелиополь» — в образе Проконсула принято видеть немецкое офицерство, в образе Ландфогта — деятелей НСДАП. Кроме того, интересны описанные технические новшества — первое предвидение GPS и мобильной связи (правда, она была селекторной и осуществлялась на сверхдлинных волнах)
В 1950-е годы он занимается эссеистикой, единственным крупным его произведением этого периода явился роман «Стеклянные пчелы», затрагивающий проблемы технологии, надзора и симулякров. Пишет Эссе «Мировое государство»
1970-е годы Юнгер продолжает много путешествовать и коллекционировать награды в области литературы и культуры. Наиболее заметные работы этого периода:
В 1980-х Юнгер более заметен в качестве общественного деятеля, что несомненно связано с влиянием ХДС в германской политике. Дебаты по поводу «дела Юнгера» вновь разгорелись в 1982 году, когда городской совет Франкфурта решил присудить ему Премию Гёте. В 1984 году он принимает участие в церемонии памяти погибших в двух мировых войнах, в которой также присутствовали Гельмут Коль и Франсуа Миттеран, впоследствии посетившие его в Вилфлингене в 1985 году, когда ему исполнилось 90 лет.
В 1990 году издается сборник «Ножницы» (Die Schere) — сложная коллекция афоризмов на тему состояния современного/постсовременного мира. Прочие публикации Юнгера ограничиваются дальнейшими изданиями Siebzig Verweht, за исключением очерка под названием «Смена образа» (Gestaltwandel).
Столетний юбилей Юнгера был отпразднован в 1995 году с большой официальной шумихой. Он договорился о помещении своих бумаг в Архиве германской литературы в Марбахе-на-Некаре, где, с разрешения его вдовы, рукописи, печатные работы и оригиналы дневников доступны для академических исследований.