Начал карьеру в клубе «Серро» из Монтевидео в 1967 году. В том сезоне и в следующем за ним «Серро» дважды становился третьим в первенстве, уступая лишь двум величайшим клубам страны — «Пеньяролю» и «Насьоналю». После пяти сезонов в «Серро» Альмейда уехал играть в Парагвай. В 1972 году он играл за «Гуарани», а на следующий год перешёл в «Олимпию», где провёл всю оставшуюся карьеру. «Олимпия», всегда являвшаяся одной из сильнейших команд в парагвайском футболе, и в то время выступала очень сильно; за то время, когда её ворота защищал Альмейда, бывший основным голкипером практически всё время своих выступлений в Парагвае, «Олимпия» стала 10-кратным чемпионом страны (в том числе 6 титулов подряд) и обладателем большого числа кубковых трофеев. В 1979 году «Олимпия» выиграла Кубок Либертадорес, обыграв в финале «Боку Хуниорс» — один из сильнейших клубов мира того времени, выигравший два предыдущих розыгрыша трофея, а затем асунсьонский клуб взял и Межконтинентальный кубок, переиграв «Мальмё». В конце карьеры Альмейда выиграл свой второй Кубок Либертадорес.
Как тренер Эвер Уго выиграл в 1993 году чемпионат Парагвая с «Олимпией», руководил сборной Парагвая на домашнем Кубке Америки 1999 года, где команда вылетела в 1/4 финала, затем выиграл пять чемпионатов Гватемалы с «Мунисипалем» и два чемпионата Эквадора с командой «Эль Насьональ».
В июле 2009 года был назначен главным тренером команды «Насьональ» (Асунсьон);. Сразу же Альмейда выиграл со своей новой командой чемпионат Парагвая, причём это был первый чемпионский титул «Насьоналя» за последние 63 года. В мае 2010 года назначен главным тренером сборной Гватемалы.