Исследователь языка, литературы и культуры белорусского народа, древнерусской палеографии и памятников письменности. Вместе с И. В. Волк-Леоновичем и С. М. Некрашевичем входит в число основоположников современного белорусского языка. Придерживался взглядов, близких к идеологии «западноруссизма».
Евфимий Карский родился 20 декабря 1860 года (1 января 1861) в селе Лаша Гродненского уезда Гродненской губернии. Отцом его был дьячок местной церкви Фёдор Новицкий, а матерью — девушка из причетнической семьи Карских. Под её фамилией и был записан ребёнок, так как он родился без официально зарегистрированного брака (Фёдор Новицкий на тот момент ещё не достиг 18 лет — минимального брачного возраста в большинстве губерний Российский империи). Начальное образование Ефим Карский получил в приходском училище села Ятра, в церкви которого на тот момент служил его отец.
В августе 1871 года по инициативе отца Евфимий (под отцовской фамилией, Новицкий) поступил в Минскую духовную семинарию. По окончании семинарии он поступил (уже под фамилией Карский, записанной в метриках) в Нежинский историко-филологический институт, где изучал славяно-русскую филологию под руководством профессора Романа Фёдоровича Брандта.
Окончив институт в 1885 году Карский начал преподавать во 2-ой Виленской гимназии. В это время он начал собирать этнографический материал, в этом ему помогали родители, и печататься в научных журналах. В 1877 году Евфимий Карский женился на дочери священника Софье Николаевне Сцепуржинской. В гимназии он проработал до 1893 года, когда его зачислили преподавателем русского языка в Императорский Варшавский университет, а через год назначили экстраординарным профессором на кафедру русского и церковнославянского языков.
В 1901 году он был избран членом-корреспондентом Императорской Российской Академии наук. В 1902 году Карский стал деканом историко-филологического факультета. В 1903 году Карский предпринял этнографическую экспедицию по Белоруссии, в ходе которой было собрано немало материала для исследований, и по итогам которой был издан первый том главного труда учёного — полномасштабной научной работы «Белоруссы», заслужившей впоследствии название «энциклопедии белорусоведения».
В 1905 году Карский стал ректором Варшавского университета. Должность ректора Карский занимал до 1910 года. Также с 1905 по 1917 год он был главным редактором журнала «Русский филологический вестник». В 1916 году его избрали действительным членом Академии наук. В 1917 году Карский стал профессором Петроградского университета. С 1920 года он редактировал «Известия Отделения русского языка и словесности Российской Академии наук». В 1922 году стал действительным членом Института белорусской культуры, а в 1929 году — членом Чешской Академии наук. Также работал директором Музея антропологии и этнографии.
При советской власти Карский не единожды терпел невзгоды из-за своих убеждений. Так, уже в 1919 году он снят с должности профессора в Минском педагогическом институте как человек с неблагополучной «политической физиономией»[неавторитетный источник?], в этом же году он подвергся аресту. Карский скептически относился к «насильственной белорусизации» в учреждениях. Всё это привело к ухудшению положения Евфимия Фёдоровича в советской науке. По возвращении Карского из научной командировки 1926 года, совершённой им в славянские земли, в прессе была развязана кампания по его шельмованию. Появились статьи, в которых Карский назывался «черносотенцем», «шовинистом», «осколком царского режима», в вину ему ставилось то, что он в своём отчёте о командировке назвал Львов «старым русским городом», отмечал лучшую благоустроенность Западной Белоруссии (находившейся под властью Польши) по сравнению с Советской Белоруссией, то, что за границей он якобы входил в контакт с белогвардейцами и т. п. В 1927 году на закрытом заседании ЦК КП(б)Б было вынесено решение поставить вопрос об исключении Карского из Академии наук. Карский пытался оппонировать критикам, но его опровержения не печатали. Он подвергался давлению со стороны партийного научного сообщества, а в 1929 году был снят с должность директора Музея антропологии и этнографии.
Восстановиться на прежних позициях Карскому так и не удалось — 29 апреля 1931 года он скончался. Похоронен на Смоленском православном кладбище в Ленинграде.
Библиотека Карского, подаренная им в 1922 году Белорусскому университету, насчитывает ныне 2,5 тысячи книг и включает работы по этнографии и славяноведению русских, белорусских, польских, сербских, чешских, французских, словацких учёных. Первую мировую войну библиотека пережила в оккупированной немцами Варшаве и только в 1919 году её удалось перевезти в Минск. В то время в ней было более 4 тысяч экземпляров. Во время Второй мировой войны часть библиотеки подверглась уничтожению, часть вывезена в Германию. В 1945 году она была возвращена в Минск. В настоящее время ведётся изучение библиотеки, выявлено около 400 книг с авторскими дарственными надписями, создан каталог библиотеки.