В 1920—1923 на работе в Наркоминделе. В 1922 вместе с П. И. Стучкой организовал секцию права Коммунистической академии — один из центров научной марксистской юридической мысли в СССР. С 1927 действительный член Коммунистической академии, затем член её президиума и вице-президент; с 1931 директор института советского строительства и права Коммунистической академии; с 1936 заместитель наркома юстиции СССР.
Автор научных работ по общей теории права, государственному и международному праву, истории права и политических учений. Основной труд — «Общая теория права и марксизм. (Опыт критики основных юридических понятий)» (1924). В этой книге дано марксистское объяснение важнейших правовых категорий, подвергнуты критическому анализу буржуазное право и буржуазные теории права, подчёркнута бесплодность попыток рассмотрения права вне связи с экономическими условиями развития общества и классовыми отношениями.
Пашуканис выступал против концепции «пролетарского права», поддерживаемой рядом советских ученых и юристов-практиков, в частности А. Я. Вышинским. По его мнению, пролетариат не создаёт принципиально новой правовой системы; поскольку право, как и государство, сохраняются, согласно марксистской теории, при социализме как пережитки буржуазного общества, издержки переходного периода, оно имеет во многом буржуазный характер; социализм в своем развитии должен изжить как государство, так и право (в соответствии с марксистским тезисом об отмирании государства).
Будучи невольным критиком сталинской государственной системы, объявлен «врагом народа». Арестован 20 января 1937. Приговорен ВКВС 4 сентября 1937 по обвинению в участии в контрреволюционной террористической организации. Расстрелян 4 сентября 1937. Захоронен на Донском кладбище. Реабилитирован 31 марта 1956.
Двоюродный брат Пашуканиса, Викентий Пашуканис был секретарем издательства «Мусагет», издателем поэтов-символистов («Издание В. В. Пашуканиса»), после революции — организатором музейного дела.