По собственным словам Гинера, он имеет прямое отношение к энергетическому и автомобильному бизнесу, однако по сообщениям ряда СМИ предприниматель связан с рядом крупных вещевых рынков, в том числе бывшим рынком на территории спорткомплекса «Лужники». Его бизнес-партнерами являлись заместитель Председателя Государственной думы пятого созыва, экс-лидер фракции партии «Справедливая Россия» Александр Бабаков, а также бизнесмен и криминальный авторитет Максим Курочкин. Втроем они возглавляли так называемую «лужниковскую» бизнес-группировку, контролируя вышеуказаный рынок. В 2000-х началась их экспансия на вещевой ярмарке ЦСКА, контролировавшейся высокопоставленными сотрудниками Минобороны и чеченской диаспорой во главе с известным авторитетом Шахруди Дадахановым, который помимо доли на рынке владел контрольным пакетом (98%) акций футбольного клуба ЦСКА через офшорную компанию Army sports group LLC. В результате ряда рейдерских атак, проведенных под аккомпанемент второй чеченской кампании, собственники вещевой ярмарки ЦСКА были обвинены в финансировании чеченских боевиков и сдали территорию «лужниковским». Последние в нагрузку получили и футбольный клуб ЦСКА, над которым совершенно официально установили контроль в начале 2003 года. Тогда ЦСКА провел допэмиссию акций по закрытой подписке, в результате чего 49% получила британская компания Bluecastle Enterprises Limited. Еще 25% были выкуплены ОАО «АВО-Капитал», принадлежащим все той же Bluecastle, которая через опосредованные структуры ведет к голландской группе компаний VS Energy — организации, соединившей ключевые активы «лужниковцев» в России и Украине.
8 февраля 2005 года на пересечении Ростовской и Савинской набережных Москвы был обстрелян автомобиль Евгения Гинера: в машине находились сын бизнесмена Вадим Гинер и его охранник, получившие тяжелые ранения.
С самого начала своего президентства в ЦСКА Гинер начал активную работу по усилению клуба, привлекал новых игроков из России и других стран, тренеров, улучшал клубную инфраструктуру, привлекал спонсоров. При нем клуб заметно усилил свои позиции в российском футболе и занял одну из лидирующих ролей в нём. Именно Гинер пригласил в клуб известного тренера Валерия Газзаева, который сделал в 1995 году чемпионом владикавказскую Аланию и добился больших успехов с ЦСКА, в том числе выиграл в 2005 кубок УЕФА. Помимо этого, Гинер улучшил финансовое положение клуба, при нём спонсорами команды были такие крупные компании, как Конти, Сибнефть (также известно о дружеских отношениях Гинера и Романа Абрамовича, бывшего главы Сибнефти), ВТБ, Аэрофлот, Башнефть. Также при Гинере увеличилась посещаемость матчей команды.
Он приобрёл для команды ряд хороших и известных футболистов — Игнашевича, Вагнера Лава, Карвальо, Красича, Дзагоева, Хонду, Думбия, Олича, Жо и других. Отличительная особенность селекционной политики при Гинере является то, что предпочтение отдается молодым и перспективным игрокам из России, Восточной и Южной Европы, Бразилии и Африки. При Гинере тренером по физподготовке ЦСКА стал один из тренеров сборной Бразилии по футболу Пауло Пайшао, а в 2009 году Гинер на место главного тренера назначил вместо Газзаева бывшего известного бразильского футболиста Зико. В сентябре, из-за неудовлетворительных результатов команды Зико был отправлен в отставку, а его место был назначен Хуанде Рамос Но по той же причине он был уволен. Его место занял Леонид Слуцкий.
Также Гинер активно занимается строительством нового стадиона для ЦСКА. Болельщики ЦСКА с одобрением относятся к работе Гинера, благодарят его за проделанную работу. Евгений Леннорович считается авторитетным человеком в высших футбольных кругах России, часто посещает матчи своей команды, а также другие значимые футбольные матчи мирового футбола, в частности матчи Чемпионатов мира и Европы.