Родился в Ярославле 1 сентября 1969 года.
В 1985 году закончил среднюю школу № 76 Ленинского района Ярославля и поступил на вечернее отделение исторического факультета Ярославского государственного университета.
С осени 1987 по осень 1989 года проходил срочную службу в частях ВВС Приволжского военного округа и Краснознаменного Дальневосточного военного округа.
После увольнения в запас восстановился на дневном отделении исторического факультета Ярославского государственного университета.
С весны 1990 по лето 1991 года был ведущим постоянной рубрики в газете «Пресс-Клип» — печатном органе Дзержинского райкома ВЛКСМ города Ярославля.
Осенью 1991 года поступил в штат ярославской областной еженедельной газеты «Юность», где работал корреспондентом (1991), заведующим отделом (1992), директором по изданию и распространению (1993).
Осенью 1993 года перешёл на должность заместителя редактора областной газеты «Ярославские вести», а затем трудился обозревателем в газете «Ярославская неделя» и в журнале Государственной Думы Ярославской области «Местное время».
С августа 1995 по январь 1997 года работал помощником редактора учрежденной при участии Администрации Ярославской области ежедневной газеты «Губернские вести».
В феврале 1997 года перешел на должность директора Информационного центра областной ежедневной газеты «Золотое кольцо».
Осенью 1997 года стал лауреатом Всероссийского конкурса аналитической журналистики, проводимого институтом «Открытое общество», по итогам которого получил персональный грант.
С ноября 1998 года перешёл на освобожденную работу руководителем пресс-службы созданного по инициативе губернатора Ярославской области Анатолия Лисицына движения «Ярославия».
После завершения губернаторских выборов с мая 1999 года по июнь 2000 года трудился на освобожденной основе пресс-секретарем возглавляемого мэром города Ярославля Виктором Волончунасом Движения «Ярославль-2000».
На этом этапе начал размещать материалы в центральных изданиях — «Парламентской газете» и «Комсомольской правде».
В сентябре 2000 года был приглашен на должность собственного корреспондента федеральной газеты «Труд» по Ярославской и Костромской областям. В работе делал упор на социальные проблемы. Освещал визиты в Ярославскую область Президента России, вице-премьеров, ряда министров. Всего за пять с половиной лет работы собственным корреспондентом «Труда» разместил около 700 материалов, включая первополосные.
Помимо «Труда», публиковался в издаваемой при его участии газете «Союзное вече» — печатном органе Парламентского Собрания Союза России и Белоруссии, где освещал ход совместной программы «Дизелизация» на автопредприятиях Ярославля и Минска.
В июле 2006 года перешел на должность главного редактора ярославской, костромской и вологодской региональных полос федерального еженедельника «Аргументы и время» / «Аргументы недели».
В сентябре 2006 года начал сотрудничать с «Агентством национальных новостей» (АНН).
С июля по октябрь 2007 года работал редактором газеты «„Аргументы и факты“ — Кострома».
В феврале 2010 года был приглашен к работе над сборником «Четыре года из тысячи» об участии жителей Ярославля в Великой Отечественной войне. Подготовил шесть глав этой книги, рассказывающих о выпускавшихся в Ярославле бронекатерах и бронепоездах, термических авиабомбах, первых снарядах для легендарных «катюш», а также о связанных с Ярославлем поэтах Алексее Суркове, Марке Лисянском и Льве Ошанине, песни на стихи которых были хорошо известны в годы войны.
Высокую оценку работы Евгения Мухтарова дали автор предисловия сборника доктор исторических наук, заведующий кафедрой отечественной средневековой и новой истории ЯрГУ, профессор Юрий Иерусалимский, а также к.и.н., декан факультета дополнительного образования Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета Лев Семенов.
7 мая 2010 года презентацию книги для общественности в преддверии Дня Победы провел председатель Ярославской областной Думы, руководитель областного отделения партии «Единая Россия» Виктор Рогоцкий. Большая часть тиража была подарена ветеранам войны и тыла, а другая уже поступила в библиотеки.
До 1990 года был членом ВЛКСМ.
В 1994—1995 годах участвовал в деятельности патриотического движения, являлся пресс-секретарем общественной организации «Лига патриотической молодежи Ярославской области»..
В 1998 году был работником исполкома созданного по инициативе губернатора Ярославской области Анатолия Лисицына Движения «Ярославия» и выступил одним из официальных учредителей регионального отделения возглавляемого Ю. Лужковым Всероссийского общественно-политического движения «Отечество».
В 1999—2000 годах — член исполкома возглавляемого мэром Виктором Волончунасом городского движения «Ярославль-2000».
11 ноября 1999 года в качестве члена исполкома движения «Ярославль-2000» стал участником программы «Выборы-99» на радио «Свобода», где выражал несогласие с оценками, которые дал ситуации в регионе другой участник эфира - спикер областной Думы и кандидат в губернаторы от партии «Яблоко» Сергей Вахруков. Разъясняя тактику «Ярославля-2000» в период выборов, Мухтаров говорил: «Мы пользуемся ситуацией и стремимся использовать потенциал «Отечества», пока еще достаточно солидный, для того чтобы провести своих людей - людей профессиональных - в ту же Государственную Думу.». Он не исключал возможности, что в будущем мэр Ярославля решит баллотироваться на пост губернатора области..
В 2002 году избирался председателем регионального отделения возглавляемого А. Дугиным общественно-политического движения «Евразия».
С января по март 2008 года был кандидатом в депутаты Государственной Думы Ярославской области пятого созыва по избирательному округу № 18 (город Ростов и Ростовский район Ярославской области).
Параллельно с работой в СМИ занимался деятельностью в сфере профилактики нетрадиционной религиозности.
Сообщал, что в «теме религиозных сект» оказался по стечению обстоятельств:
21 ноября 1995 года постановлением заместителя председателя Государственной Думы Ярославской области был включен в состав рабочей группы по подготовке законопроекта «О регулировании деятельности религиозных сект, представительств (филиалов) иностранных религиозных организаций, отдельных проповедников и миссионеров на территории Ярославской области»
Стал одним из двух соавторов окончательного варианта данного законопроекта, принятого областной Думой 20 февраля 1996 года за основу. Позже «ярославский» текст был использован в качестве модельного при подготовке региональных законов «Об осуществлении деятельности религиозных объединений и их представителей на территории Свердловской области», «О миссионерской деятельности на территории Вологодской области», «О порядке осуществления миссионерской деятельности на территории Воронежской области».
23 августа 1996 года стал одним из докладчиков конференции духовенства Ярославской Епархии РПЦ «Тоталитарные секты в Ярославской области и православная миссия».
22 августа 1997 года стал автором проекта коллективного обращения к «ярославским» депутатам Федерального Собрания РФ с просьбой поддержать принятие нового закона «О свободе совести и о религиозных объединениях».
17 ноября 1997 года обратился в прокуратуру Дзержинского района города Ярославля с заявлением о необходимости проверки на соответствие законодательству местной религиозной организации Свидетелей Иеговы, что привело к вынесению ей 20 ноября 1997 года представления № 285 ис/97 об устранении нарушений в части незаконного распространения религиозной литературы и приглашения в Ярославль иностранного проповедника — гражданина ФРГ Гиглера Вернера.
9 февраля 1998 года обратился в органы прокуратуры с заявлением о необходимости проверки деятельности в Переславском районе Ярославской области благотворительного фонда «Дом Марии» и созданного при нем «Реабилитационного центра для лечения наркоманов». В результате прокуратура Переславского района выявила многочисленные нарушения организацией собственного устава, а также нормативных актов, в связи с чем внесла представление с требованием принять меры либо к прекращению деятельности «реабилитационного центра», либо к получению лицензии на данный вид деятельности и оформлению статуса центра в соответствии с законодательством.
19 марта 1998 года обратился в прокуратуру Ярославской области с требованием отмены постановления об отказе в возбуждении уголовного дела по факту предполагаемого самоубийства Эльвиры Виноградовой, которая по сообщениям прессы являлась прихожанкой ярославского религиозного объединения христиан веры евангельской-пятидесятников «Новое поколение». В итоге данное постановление было отменено, а материал направлен для новой проверки в прокуратуру Ленинского района Ярославля.
24 июля 1998 года постановлением губернатора Ярославской области был введен в первый состав Совета для проведения государственной религиоведческой экспертизы на территории Ярославской области и утвержден в качестве его секретаря.
11 февраля 1999 года выступил автором проекта обращения ряда общественных объединений в адрес генерального директора Ярославского завода топливной аппаратуры о недопустимости планируемой продажи религиозной организации христиан веры евангельской-пятидесятников «Новое поколение» части принадлежащего предприятию и выставленного на торги Культурно-спортивного комплекса «Топаз». В результате руководство предприятия приняло 24 февраля 1999 года решение отказать организации в праве приобретения данного объекта недвижимости.
13 апреля 1999 года участвовал в работе организованной мэрией Ярославля и муниципальным Академическим центром по развитию образования в социальной сфере городской научно-практической конференции «Совершенствование патриотического воспитания молодежи в современных условиях», где сделал доклад «Нетрадиционные религии как фактор, препятствующий патриотическому воспитанию молодежи».
1 октября 1999 года выступил организатором акции «Общество против сект», когда в течение следующего месяца активистами общественных организаций распространялись на улицах городов Ярославской области листовки антисектантского характера и велась разъяснительная работа с населением.
13 ноября 2000 годла в интервью газете «Ярославские новости» отмечал, что из-за отсутствия финансирования со стороны органов государственной власти и местного самоуправления организации по работе с жертвами сект остаются уделом общественников, дефицит финансов которых не позволяет осуществлять планомерную работу по приему граждан, эффективному мониторингу религиозной жизни на территории Ярославской области, заимствованию передового западного опыта по «выводу» людей из тоталитарных культов. В результате из ста граждан, родные и близкие которых обращаются в ярославский антисектантский центр, к нормальной жизни удается вернуть всего около 3 процентов.
21 ноября 2000 года принял участие в организованной Законодательным собранием Ульяновской области региональной научно-практической конференции «Об особенностях деятельности новых религиозных объединений», где сделал доклад на тему «Опыт взаимодействия органов государственной власти и местного самоуправления с религиозными организациями».
29 февраля 2001 года выступил на организованном Рыбинским филиалом Современного гуманитарного института семинаре «О деятельности религиозных объединений» с докладом «Особенности деятельности религиозных сект в Ярославской области».
15 мая 2001 года был избран председателем комиссии по взаимодействию с религиозными объединениями при исполкоме городского движения «Ярославль-2000».
В 2002 году в связи с истечением срока полномочий первого состава Совета по проведению государственной религиоведческой экспертизы на территории Ярославской области сложил с себя обязанности его секретаря.
25 февраля 2003 года постановлением мэра Ярославля был утвержден в качестве члена Совета по вопросам религиозных объединений при мэрии Ярославля
3 июня 2003 года направил в прокуратуру Ярославской области обращение с просьбой о проверке законности подготовки к проведению в Ярославле мероприятия религиозной организации христиан веры евангельской-пятидесятников «Новое поколение» — т. н. «Христианского фестиваля музыки и чудес», дал соответствующее разъяснение для прессы, а также для органов местного самоуправления и сам подготовил один из материалов на эту тему. С учетом полученной информации мэрия Ярославля сочла нужным отказать сектантам в предоставлении под мероприятие площадей в центре города и выделила для этого территорию на окраине, что существенно уменьшило процент явки жителей на вербовочную акцию, хотя при ее осуществлении всё равно были выявлены многочисленные случаи нарушения действующего законодательства.
19 июня 2003 года представлял по доверенности интересы Управления юстиции Минюста РФ по Ярославской области в заседании судебной коллегии по гражданским делам Ярославского областного суда, рассматривавшей гражданское дело по кассационной жалобе данного Управления на решение Кировского суда Ярославля от 21 марта 2003 года о признании законности деятельности общественной организации «Центр творческой молодежи», занимавшейся пропагандой в пользу местной пятидесятнической религиозной организации «Новое поколение». Процесс был выигран, что стало первым в России прецедентом, когда судебные органы признали в деятельности общественной организации элементы религиозной агитации.
21 августа 2003 года в прокуратуру Кировского района города Ярославля поступило заявление руководителя Регионального управленческого центра Христиан Веры Евангельской Пятидесятников Ярославской области Николая Митрофанова, требующего привлечь к уголовной ответственности 7 журналистов, включая Евгения Мухтарова, которые по мнению заявителя «возбуждали межрелигиозную вражду в отношении церквей христиан веры евангельской с использованием средств массовой информации», разместив критические материалы о проведенном в Ярославле мероприятии «Христианский фестиваль музыки и чудес». Однако 1 сентября 2003 года старший следователь прокуратуры Кировского района Ярославля Виктор Малахов в своем постановлении отметил: «Изучением текстов названных статей установлено, что каких-либо призывов к межрелигиозной вражде, заявлений о превосходстве, а равно о неполноценности какой-либо из конфессий, материалы прессы не содержат». На этом основании заявителю было отказано в возбуждении уголовного дела против журналистов, включая Евгения Мухтарова, «за отсутствием в их действиях состава преступления».
20-22 октября 2003 года выступал главным организатором приезда в Ярославль для проведения лекций и встреч с общественностью профессора Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета, президента «Центра религиоведческих исследований» Александра Дворкина, и освещал этот визит.
30 марта 2004 года, комментируя агентству «Regnum» новость о закрытии в судебном порядке московской общины Свидетелей Иеговы, Мухтаров отмечал: «Причиной ликвидации этой организации в Москве послужили такие факты, как экстремистские лозунги, причинение вреда жизни и здоровью людей под видом отправления культа, в том числе, отказ от переливания крови и другие. Немало было случаев и в Ярославской области».
Он подчеркивал: «В 2001 году в милицию поступило заявление от мужчины, который заявил, что его избили „Свидетели Иеговы“. Это дело до суда тоже не дошло. И все равно, мне кажется, что решение местного суда, пусть даже такое же, как в Москве, вряд ли уберегло ярославцев от влияния Свидетелей Иеговы. Ведь эта религиозная организация может в любой момент перерегистрироваться или продолжать свою деятельность без регистрации».
26 мая и 14 июля 2004 года представлял в суде города Ростова Ярославской области интересы местного жителя Анатолия Зайцева, к которому предъявил иск активист местного отделения пятидесятнической организации «Церковь Божья» (бывш. «Новое поколение»).
14 января 2008 года направил в Ярославскую областную прокуратуру заявление с требованием о расследовании случая предполагаемого самоубийства ученицы десятого класса средней школы № 1 города Гаврилов-Яма Ярославской области Дины Авериной, которая по информации родных и близких посещала собрания Свидетелей Иеговы. Комментируя этот случай телекомпании РТР-«Вести», отмечал общую слабость законодательной базы, не позволяющей контролировать деятельность нетрадиционных религий, что, по мнению Мухтарова, приводит к подобным трагедиям.
9 апреля 2008 года в интервью ярославской областной газете «Юность», отвечая на вопрос, существует ли панацея от сектантства, подчеркивал:
15 мая 2008 года на заседании Совета по вопросам религиозных объединений при мэрии Ярославля был содокладчиком по пункту повестки дня «Об изменениях, ходе выполнения, а также имеющихся нарушениях со стороны религиозных организаций отдельных положений федерального закона „О свободе совести и о религиозных объединениях“».
3 марта 2009 года приказом министра юстиции России был введен в состав Экспертного Совета по проведению государственной религиоведческой экспертизы при Министерстве юстиции Российской Федерации. Его председателем стал Александр Дворкин.
Еще до начала работы Совета его критики начали шумную кампанию, обвиняя членов Совета в некомпетентности и будущих правонарушениях.
8 апреля 2009 года Евгений Мухтаров по этому поводу оставил в своем "Живом журнале" реплику "Спасите от Дворкина!". Сектанты, либералы и просто дураки бьются в истерике", где отмечал:
Чуть позже оценку развернувшейся кампании против Совета и его членов дал министр юстиции РФ Александр Коновалов. Он заявил:
11 мая 2009 года направил в прокуратуру г. Ярославля обращение о незаконности осуществления на территории города с 1 по 31 мая АНО «Сила перемен» акции «Ощути силу перемен», которая проводилась под видом социальной, но преследовала, де-факто, цели распространения религиозной литературы и вербовки граждан в ряды соустроителей мероприятия — трех баптистских, адвентистской и пятидесятнической общин. Указывал на нарушения п. 8 ст. 8 ФЗ «О свободе совести и о религиозных организациях», требующего указывать от религиозных организаций полное наименование и конфессиональную принадлежность при осуществлении публичной деятельности; ч. 1 ст. 7 ФЗ «О собраниях, митингах, шествиях, демонстрациях и пикетировании», требующего от устроителей мероприятия заблаговременно уведомлять о нем органы местного самоуправления, а также ч. 7 ст. 5 ФЗ «О рекламе», требующего рекламодателей указывать в тексте рекламы достоверную информацию о мероприятии.
В ответе на данное обращение прокурора Кировского района г. Ярославля от 17 июня 2009 года отмечалось, что по результатам проверки все заявленные претензии нашли свое подтверждение, в связи с чем акция была прекращена и прокурор г. Ярославля вынес руководителю АНО «Сила перемен» представление об устранении нарушений закона, а рекламной организации, осуществлявшей размещение наружной рекламы акции на территории города — предостережение о недопустимости нарушений законодательства о религиозных объединениях.
15-17 мая 2009 года принял участие в ежегодной конференции FECRIS в Санкт-Петербурге. На этой конференции также выступали такие известные антикультисты как Александр Дворкин, Graham Berry, Владимир Мартинович, Александр Кузьмин и другие.
2 июня — 21 июля 2009 года принимал активное участие в подготовке первого экспертного заключения Экспертного Совета по проведению государственной религиоведческой экспертизы при Министерстве юстиции Российской Федерации, касающегося вопросов регистрации религиозной организации «Езидство». Заключение, вынесенное по запросу Управления Минюста РФ по Ярославской области, было размещено на официальном сайте Министерства юстиции Российской Федерации.
24 сентября 2009 года сделал на заседании Совета по вопросам религиозных объединений при мэрии г. Ярославля доклад о первых результатах деятельности Экспертного Совета по проведению государственной религиоведческой экспертизы при Министерстве юстиции Российской Федерации в части подготовки заключения о возможности регистрации ярославской местной религиозной организации «Езидство».