Евгений Аквилонов родился в семье тамбовского кафедрального протоиерея. Окончил Тамбовскую духовную семинарию и Санкт-Петербургскую духовную академию, со званием магистра в 1886 году. После окончания учёбы остался преподавать в академии, читая лекции по православной апологетике, а с 1890 года стал преподавать на кафедре введения в круг богословских наук. С 1896 года стал священником и был назначен на служение к Входоиерусалимской Знаменской церкви в Петербурге. В 1899 году получил звание доцента, а в 1900 году стал профессором. В 1903 году был переведён в военное ведомство и стал настоятелем церкви Лейб-гвардии Кавалергардского Её Величества Императрицы Марии Фёдоровны полка. С 1903 по 1910 год был профессором богословия в Санкт-Петербургском историко-филологическом институте. В 1910 году его назначили протопресвитером Военного и Морского духовенства, для управления всем духовенством армии и флота империи.
Занимался трудными темами богословской тематики — учением о Церкви, доказательством бытия Божия, исследованием иудаизма. Уделял внимание полемике с видными литературными и философскими деятелями того времени, обличал толстовские и социалистические идеи. Выступал против совершения панихид по иноверцам.
Аквилонов являлся искренним и убежденным патриотом, монархистом. Был близок к Русскому собранию и Союзу русского народа, возможно даже являлся их членом. Выступал на монархических собраниях с докладами и речами, на темы государства и церкви, написал ряд работ, посвященных обличению социал-демократов и прочих революционеров, боролся с социалистической и либеральной пропагандой в армии. Автор антисемисткого сочинения «Иудейский вопрос. О невозможности предоставления полноправия русским гражданам из иудейского народа.» (СПб, 1907).
Признание к Аквилонову пришло уже при жизни, он являлся ординарным профессором и доктором богословия Санкт-Петербургской духовной академии, был награждён митрой и палицей, а также наперсным золотым крестом из кабинета его величества.
Умер в 1911 году от ползучей саркомы горла.