В 1962 году за участие в «самиздатовском» журнале в Красноярске был исключён из комсомола, в котором, однако, никогда не состоял. Первый рассказ «Спасибо» опубликовал в 1962 году в газете «Красноярский комсомолец».
После окончания Московского геологоразведческого института им. С. Орджоникидзе (1968), работая геологом на северо-восточных «просторах нашей Родины чудесной», он создал множество рассказов, где в качестве скромных героев эпохи выступали сибирские бичи, пьяницы, проститутки, чиновники, интеллектуалы, графоманы и коммунисты.
Первая серьёзная публикация в журнале «Новый мир» (1976) с предисловием Василия Шукшина принесла ему всесоюзную славу. Принятый в Союз писателей в 1978 году, Попов через семь месяцев и тринадцать дней был из Союза исключён за создание (вместе с Василием Аксёновым, Андреем Битовым, Виктором Ерофеевым и Фазилем Искандером) легендарного неподцензурного альманаха «Метрополь», вышедшего на Западе и ставшего причиной последнего крупного литературного скандала «брежневской эпохи». В 1980 преследовался КГБ как один из авторов и редакторов альманаха современной литературы «Каталог», опубликованного в США. В 1988 году восстановлен в Союзе писателей. В мае 1980 вошёл в «Клуб беллетристов».
В последнее время широко печатается как прозаик и эссеист в российских журналах, альманахах, газетах «Знамя», «Новый мир», «Волга», «Весть», «Зеркала», «Вестник новой литературы», «Вестник Европы», «Огонёк», «Согласие», «Дружба народов», «Континент», «Октябрь», «Столичная вечерняя газета», «Эсквайр», «Взор», интернет-издание Грани.ру и др.
Евгений Попов является секретарём Союза московских писателей, одним из основателей Русского ПЕН-центра, ассоциированным членом Шведского ПЕН-центра. Отмечен премиями журналов «Волга» (1989), «Стрелец» (1995), «Знамя» (1998), «Октябрь» (2002), премией Союза писателей Москвы «Венец» (2003), памятным знаком венгерского Министерства культуры «Pro cultura Hungaria». (2005).
Рассказы Попова радуют многообразием, что относится как к выбору судеб и персонажей, так и к манере, в которой соседствуют трезвый реализм, трагическая ирония и расширение повествовательной перспективы через сказ.