1 июня 2006 года женился на певице Юлии Началовой. 1 декабря 2006 года у них родилась дочь, которую назвали Вера.
В декабре 2011 года Алдонин и Началова объявили о своем официальном разводе.
Воспитанник детской спортивной школы Алупки и волгоградского спортинтерната «Ротор». Переехал в Волгоград из Ялты в возрасте 16 лет. Начал свою профессиональную карьеру в Волгограде в фарм-клубе «Ротора» — команде «Ротор-2» (1997—2000), затем с 2000 года выступал за сам «Ротор», в составе которого провёл 98 матчей и забил 7 мячей. В 2004 году перешёл в московский ЦСКА. За ЦСКА дебютировал в основном составе 12 марта 2004 года в матче против «Торпедо-Металлурга».
В 2002 году начал играть за сборную России на позиции опорного полузащитника. В 2004 году выступал за за сборную на Чемпионате Европы.