Родилась 9 октября 1949 года в селе Сунтар Якутской АССР. Окончила Якутский государственный университет (1972), Московский психологический институт (1996). Работала учителем, организатором воспитательной работы средней школы № 20 г. Якутска, инспектором, заведующей Ярославским районным отделом народного образования г. Якутска, заместителем заведующего, заведующей Якутским городским отделом народного образования, начальником городского управления образования, заместителем министра образования.
В 1997-2002 годах возглавляла министерство образования Республики Саха (Якутия), в 2003-2007 годах работала заместителем Председателя Правительства Республики Саха (Якутия). В марте 2007 года была избрана на должность Вице-президента Республики Саха (Якутия).
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 9 апреля 2010 г. № 512-р Евгения Исаевна Михайлова назначена ректором Северо-Восточного федерального университета имени М.К.Аммосова. Приступила к должности 9 июня 2010 года после сессии Госсобрания (Ил Тумэн) Республики Саха (Якутия), на которой было принято решение о досрочном прекращении полномочий вице-президента РС(Я) в связи с назначением ректором СВФУ.
Замужем, имеет четверых детей.