Евгения Шишкова начала заниматься фигурным катанием в 1980 в возрасте 8 лет. Первым тренером Евгении была Н.Пирогова. Сначала Евгения занималась одиночным катанием, через 3 года встала в пару. Вторым её партнёром был Вадим Наумов.
Пара Шишкова - Наумов тренировалась у Людмилы Георгиевны Великовой, хореографами пары были Наталья Печерская и Александр Стёпин.
После того, как пара не была принята в олимпийскую сборную России в 1998, Евгения и Вадим ушли из любительского спорта.
Евгения Шишкова и Вадим Наумов поженились 7 августа 1995 в Санкт-Петербурге, их сын Максим родился 1 августа 2001 года.
Сейчас Евгения Шишкова живёт и занимается тренерской работой вместе с мужем в Симсбери, штат Коннектикут. В частности, они тренировали американскую пару Кэтрин Оршер — Гаррет Лукаш (чемпионы США 2005 года и бронзовые призёры чемпионата Четырёх континентов 2005 года).