Родился в селе Малахово Романовского уезда Ярославской губернии в семье священника в 1719 году. Младший брат физиолога Алексея Филомафитского. С 1799 по 29 сентября 1810 года обучался в Ярославской семинарии; по окончании в ней курса поступил в ярославское Демидовское училище высших наук, а оттуда перешёл в Харьковский университет, где, состоя казеннокоштным студентом, в 1813 году получил степень кандидата.
В 1814—1816 годах исправлял должность субинспектора казеннокоштных студентов, а в 1818 году, удостоенный степени магистра изящных наук и искусств (1816), утверждён адъюнктом по всеобщей истории и древней географии, в 1826 году экстраординарным, в 1828 году ординарным профессором, начал преподавание общей статистики. Сверх своих прямых обязанностей исполнял и другие должности и поручения: так он состоял секретарём цензурного комитета, помощником инспектора студентов, синдиком университета, секретарём совета и Училищного комитета; был визитатором гимназий и училищ в Екатеринославской, Таганрогской, Таврической и Херсонской губерниях.
Был редактором журнала «Украинский вестник» — первого литературно-художественного, научного и общественно-политического ежемесячника на Левобережной Украине, издаваемого Харьковским университетом. Издавал его в 1816 и 1817 годах вместе с товарищем своим Р. Т. Гонорским и известным малороссийским писателем Г. Ф. Квиткой, в 1818 году журнал этот выходил под редакцией Филомафитского и Гонорского, а в 1819 году под редакцией одного Филомафитского. На страницах «Украинского вестника» печатал лирические стихотворения, переводы произведений античных и французских поэтов (Горация, Фенелона, Шатобриана), оригинальные и переводные прозаические произведения («Случай жизни»), научные статьи («Взгляд на состояние художеств в России»), биографические очерки (портрет Р. Т. Гонорского) и театральные рецензии.
Перу Филомафитского принадлежат следующие труды: