Родился 21 октября 1977 в городе Черкассы. С 1992 по 1996 годы — иподьякон епископа Черкасского и Чигиринского Нестора (Кулиша). После завершения учёбы в средней школе в 1994 году поступил в Киевскую духовную семинарию УПЦ Киевского Патриархата, а после окончания в 1997 году — в Киевскую духовную академию. После завершения учёбы в 2001 году защитил диссертацию и тему «Украинский экзархат РПЦ (1944—1966 гг)» и получил степень кандидата богословия. Преподаватель КДАиС (ныне — Киевской православной богословской академии).
С 1997 по 1998 годы — иподьякон главы УПЦ КП Филарета (Денисенко). В 1997 году поступил в Свято-Михайловский Златоверхий монастырь Киева.
По благословению Денисенко 12 апреля 1998 пострижен в монашество с именем Евстратий. 16 апреля 1998 года рукоположен во иеродиакона. 4 июня 2000 года — во иеромонаха. Назначен штатным священником Михайловского Златоверхого собора.
1 ноября 2002 назначен пресс-секретарём Киевской Патриархии. 28 апреля 2003 возведён в сан игумена, а 4 февраля 2007 — в сан архимандрита. 13 мая 2008 Священным Синодом избран на епископа Васильковского, викария Киевской епархии, с назначением главой информационно-издательского управления Киевской Патриархии. 25 мая 2008 состоялась хиротония архимандрита Евстратия во епископа Васильковского.
На заседании Священного Синода УПЦ КП, проходившем 27 июля 2010 г., епископ Евстратий был назначен на должность секретаря Синода (без постоянного членства в Синоде).