Принадлежала к старому аристократическому роду выходцев из Венеции, в котором были участники крестовых походов, кардиналы, великие мастера ордена иоаннитов и др. К XIX в. семья обеднела. Мать Эжени, умершая, когда девочке было 13 лет, перед смертью поручила ей младшего и слабого здоровьем брата Мориса. Отличавшаяся глубокой религиозностью и думавшая уйти от мира, Эжени посвятила жизнь брату. Ее дневники и письма были адресованы только ему. После смерти брата она стала собирать и готовить к изданию его наследие, но не успела завершить эти труды.
В 1855 дневник Эжени де Герен был издан в провинции для узкого круга близких под заглавием «Реликвии», в 1862 «Дневники и письма Эжени де Герен», напечатанные в Париже Жюлем Барбе д’Оревильи, вызвали большой интерес, в 1865 были переведены на английский язык и с тех пор многократно переиздавались.
Авторитетный Сент-Бёв включил Эжени де Герен в свою «Галерею знаменитых женщин», Франсуа Мориак — в сборник «Мои великие». Ее дневникам посвятил эссе Мэтью Арнолд, их высоко оценил Генри Джеймс.