Родился в еврейской семье, которая после «территориально-политического переустройства» Европы 1939 года была депортирована в Сибирь. Его отец, врач по профессии, пошёл добровольцем в сформированную в СССР первую дивизию имени Костюшко Войска польского.
После войны Ежи Гофман вернулся в Польшу. Обучался в Быдгоще. В 1955 году окончил Всесоюзный государственный институт кинематографии СССР в Москве. В том же году дебютировал как режиссёр. Наиболее известен благодаря экранизациям романов Генрика Сенкевича. В четырёх фильмах исполнял роли (в 3-х из них играл самого себя), в двух был рассказчиком. Почётный гражданин Быдгоща с 2003 года.
Лауреат кинопремий нескольких международных конкурсов. Награждён призами польского Министерства культуры.