После раздела Польши в 1939 году Ежи Петерсбурский оказался в отошедшем к Советскому Союзу Белостоке и в конце 1939 года возглавил здесь Белорусский республиканский джаз-оркестр в составе 25 человек.
Известно, что после войны Ежи Петерсбурский эмигрировал, с 1949 по 1967 жил в Аргентине и работал в Teatro El Nacional в Буэнос-Айресе капельмейстером. В 1967 году вернулся на родину, женился, в 1969 родился сын Ежи Петерсбурский (младший), ставший впоследствии тележурналистом и композитором и защитивший дипломную работу о творчестве своего отца.
Ежи Петерсбурский (старший) похоронен на варшавском кладбище Повонзки.
Брат Ежи Петерсбурского — Станислав Петерсбурский (1905—1987) — польский и израильский пианист, работал в оркестре брата, затем выступал в дуэте со своей женой, мастером художественного свиста Кларой Имас (1914—1994).