Окончил католическую Петербургскую духовную семинарию (1906), католическую Императорскую Петербургскую духовную академию со степенью магистра богословия (1910), защитил докторскую диссертацию на философском факультете Лувенского университета в Бельгии (1914, тема диссертации: «Философские коцепции мировоззрения Н. О. Лосского»).
В 1928 был назначен Апостольским администратором для католиков восточного обряда в Харбине (первоначально его паства состояла из 18 человек). Руководил строительством храма в Харбине, организацией и деятельностью лицея святого Николая для юношей, конвента урсулинок для девушек и приюта сестёр францисканок для девочек. Основал в Харбине монастырь Отцов Мариан, выпускал газету «Католический вестник».
В 1939 находился в Риме на капитуле марианского ордена, а затем направился на свою родину — Западную Белоруссию. Посетил во Львове митрополита Андрея Шептицкого. Из-за ввода советских войск в Западную Белоруссию и Западную Украину в сентябре 1939 не смог вернуться в Харбин. При попытки перейти новую советско-германскую границу был арестован 25 октября 1939. Находился во львовской тюрьме, был обвинён в антисоветской деятельности и в шпионаже в пользу Ватикана. Один из его сокамерников вспоминал:
В январе 1940 был переведён в Москву. Во время следствия во Львове и Москве виновным себя не признал. 23 сентября 1942 Особым совещанием при НКВД СССР был признан виновным в борьбе против революционного движения и нелегальном переходе через границу и приговорён к заключению в лагере сроком на десять лет. Скончался в Бутырской тюрьме 2 января 1946.
В 2003 начался официальный процесс беатификации (причисления к лику блаженных) архимандрита Фабиана Абрантовича .