Первым профессиональным клубом стал «Риу Ави» из родного города Вила-ду-Конде, с которым Куэнтран заключил контракт перед сезоном 2004/05. Дебютировал в высшей лиге Португалии 14 октября 2005 в семнадцатилетнем возрасте, всего в первом сезоне провёл 3 игры. По итогам чемпионата «Риу Ави» занял последнее 16-е место и вылетел во вторую лигу. В следующем сезоне 2005/06 Куэнтран стал игроком основного состава, провёл 25 игр и забил 4 гола. В феврале 2007 года провёл недельную стажировку в «Челси», по итогам которой Жозе Моуринью оптимистично оценил данные футболиста и пообещал в дальнейшем следить за прогрессом Куэнтрана.
В то же межсезонье 2007 года заключил шестилетний контракт с «Бенфикой». Куэнтран дебютировал одновременно в лиссабонской команде в матче 3-го квалификационного раунда Лиги чемпионов против «Копенгагена», проведя на поле второй тайм. Всего в 2007-м году в чемпионате Португалии провел 3 игры и в январе 2008-го года был отдан в аренду в клуб высшей лиги «Насьонал».
В июле 2008 года был анонсирован переход на правах аренды в голландский «Фейеноорд». Несмотря на то, что стороны пришли к предварительному согласию, сделка не была совершена и Куэантран на правах аренды перешел в клуб второй испанской лиги «Реал Сарагоса». В Сарагосе принял участие в одной игре, выйдя на замену на 82-й минуте в матче против «Депортиво Алавес» при счёте 4:2. В итоге в январе 2009 года вернулся в Португалию и на правах аренды провёл половину сезона в родном «Риу Ави».
5 июля 2011 года был куплен мадридским «Реалом» за 30 миллионов евро.
Летом 2007 года в составе сборной Португалии до 20 лет сыграл в молодёжном чемпионате мира, приняв участие в 3-х играх.
После того, как Фабиу достиг похвалы в «Бенфике», его стали вызывать в основную сборную Португалии. Вместе с ней он он принял участие в финальном турнире чемпионата мира в ЮАР, где провел все 4 матча, сыграные сборной Португалии.