Фазиль Мамедов родился 28 марта 1964 года в Шемахинском районе Азербайджанской ССР. В 1985 году закончил финансово-кредитный факультет Азербайджанского Института Народного Хозяйства им. Д.Буниатзаде. С 1987 по 1989 годы Фазиль Мамедов работал в Промышленно-строительном банке Азербайджанской ССР, затем — преподаватель и заведующий кафедрой Бакинского финансово-кредитного техникума. В 1993 году он стал председателем Правления Коммерческого Банка "Унсал", а в следующем году — начальником Шамкирского отделения Аграрно-промышленного банка Азербайджана. В период с 1999 по 2000 годы являлся начальником Главной Государственной Налоговой Инспекции Азерайджана.
11 февраля 2000 года Указом Президента Азербайджанской Республики Главная Государственная Налоговая Инспекция была преобразована в Министерство по налогам Азербайджана, пост главы которого занял Фазиль Мамедов.
Женат, имеет двух детей.
Советник государственной налоговой службы 2-го ранга.