1920 Щербина оказался в эмиграции, сначала в составе кубанской делегации в Югославии. С 1921 жил в Праге, где работал профессором Украинского вольного университета (1922—1936), а с 1924 по 1925 был ректором. С 1922 являлся профессором статистики Украинской хозяйственной академии в Подебрадах (Чехословакия).
Оказавшись в эмиграции, участвовал в деятельности украинских научных учреждений, в частности Научного общества имени Тараса Шевченко. Его избирали действительным членом НТШ и ректором Украинского свободного университета. Помимо этого, писал на украинском литературном языке, составил стихотворные поэмы «Черноморцы» и «Богдан Хмельницкий».
Был похоронен в Праге на Ольшанськом кладбище. В году 2008 без разрешения семьи и украинской общины в Чехии Щербину насильно, при поддержке российских дипломатов и Чешской Православной церкви был перезахоронен в Краснодаре. Родственники категорически были против против: «мы на гробу клялись выполнить последнее желание нашего „Отца“, похоронить на свободной украинской Кубани в станице Новодеревянковской Ейского уезда, где сегодня действует музей им. Щербины».
17 сентября 2008 года прах Ф. А. Щербины перезахоронили в Свято-Троицком соборе Краснодара.