В конце 1854 или в начале 1855 года Джеймс Робертсон женился на сестре братьев Беато — Леониде Марии Матильде Беато. У них было 3 дочери: Катерина Грейс (р. 1856), Эдит Маркон Вёрдженс (р. 1859) и Хелен Беатрук (р. 1861).
В 1855 году Феликс Беато и Джеймс Робертсон отправились в Крым в Балаклаву. Феликс Беато был военным фотографом Крымской войны, в своих фотоальбомах он старался предельно точно воссоздать хронологию событий, даже если съёмка была непоследовательной. Стоит отметить, что технические возможности того времени оставляли желать лучшего, поэтому фотографии были статичны и не могли передать, к примеру, триумф после победы или боль и страдания побеждённых, хотя именно этого хотел Феликс Беато.
В феврале 1858 года Феликс Беато приезжает в Калькутту и путешествует по Северной Индии, чтобы задокументировать последствия индийского национального восстания 1857 года. В течение этого времени он, возможно, впервые сфотографировал трупы. Есть мнение, что по-крайней мере на одной его фотографии дворца Сикандар Баг в Лакхнау он откапывал и перекладывал остатки индийских повстанцев таким образом, чтобы усилить драматический эффект (см. события в крепостях Таку). Также он посетил города: Дели, Канпур, Мирут, Варанаси, Амритсар, Агра, Шимла и Лахор.
Однако стоит помнить, что Беато был всё же коммерческим фотографом, а фотостудии в то время приносили гораздо более хороший и стабильный доход, чем исследовательские хронологические фоторепортажи. В 1859 году Феликс Беато открыл фотостудию в Калькутте. Как и другие коммерческие фотографы того времени, в фотостудии Феликс Беато занимался тиражированием своих снимков. Технология представляла собой следующую последовательность действий: прикрепление готовых изображений на гладкую поверхность при помощи специальных кнопок, повторное их фотографирование. Вследствие этого на некоторых его фотографиях по краям остались круглые следы от кнопок, также, естественно, что с каждым новым снимком терялось качество снимков, детали стирались и фотография становилась совершенно нерезкой.
В июле 1858 года к Феликсу Беато приехал его брат Антонио, но уже в декабре того же года последний покинул Индию по состоянию здоровья. Антонио Беато остановился в Египте в 1860 году, где через два года в 1862 году открыл фотостудию в Фивах.
В 1860 году Феликс Беато покинул фирму «Робертсон и Беато», хотя Робертсон продолжал использовать это название вплоть до 1867 года. Феликс Беато из Индии поехал фотографировать англо-французскую военную экспедицию в Китае в Второй Опиумной войне. Он прибыл в Гонконг в марте и сразу приступил к фотографированию города и его окраин, в том числе Кантон. Фотографии Феликса Беато являются одними из самых ранних фотографий Китая.
Будучи в Гонконге Беато встретил Чарльза Виргмана, карикатуриста и корреспондента газеты The Illustrated London News. Оба сопровождали англо-французские силы до залива Даляньвань, и позже в Бэйтан к крепостям Дагу в устье реки Хайхэ и в Пекин к окрестностям Летнего дворца. Иллюстрации Чарльза Виргмана для газеты The Illustrated London News часто основывались на фотографиях Феликса Беато, сделанных по пути.
Фотографии Второй Опиумной войны Феликса Беато были первым документом военной компании, составленным из последовательных снимков с датами. Его фотографии крепостей Дагу показывают нарративный подход к воссозданию сражений. Снимки показывают подходы к фортам, последствия бомбардировок стен и фортификаций, разрушения в крепостях, включая тела погибших китайских солдат. В альбомах снимки расположены таким образом, чтобы воссоздать последовательность боя.
Снимки Феликса Беато погибших китайцев — он никогда не снимал погибших британцев или французов — показывают его манеру идеологической фотожурналистики. В результате фотографии представляют собой изображение военных успехов и военной мощи британского империализма, в том числе с коммерческой точки зрения основными покупателями его работ были британские солдаты, колониальные администраторы, торговцы и туристы. В Великобритании же снимками Беато оправдывали опиумные войны, а также другие колониальные войны. Фото Феликса Беато формировали и общественное мнение о Востоке.
Беато вернулся в Англию к ноябрю 1861 года и в течение зимы продал более 400 фотографий Индии и Китая Генри Герингу, Лондонскому коммерческому фотографу портретисту. Геринг сдублировал и перепродал снимки. Стоимость коллекции снимков Китая Феликса Беато в 1867 году превосходила средний годовой доход (лат. per capita) в Англии и Уэльсе, а стоимость коллекции снимков Индии превосходила его почти вдвое.
В Японии Феликс Беато, кроме фотографирования, владел землёй и несколькими фотостудиями, был консультантом по собственности, имел финансовый интерес в Йокогамском Гранд Отеле и был дилером импортных ковров и женских сумок. Несколько раз он появлялся в суде в разных качествах. 6 августа 1873 года Феликс Беато был назначен Генеральным консулом Греции в Японии — факт, косвенно подтверждающий его рождение на на острове Корфу.
Кроме копирования многочисленных снимков житейских сценок и жанровых портретов, привезённых им из Японии, Беато освоил технику цветной печати, то есть технику раскрашивания готовых изображений. Феликс Беато делал объёмные панорамы, например, панорама Петанга, практически без швов, была 2,5 метра в длину.
О последних годах жизни Феликса Беато, имя которого останется в истории репортажной, жанровой и пейзажной фотографии навсегда, практически ничего не известно. Вероятно, после 1899 года он уже не фотографировал, однако его фирма «Беато Лтд.» существовала вплоть до 1907 года, когда стала банкротом. Феликс Беато переехал в Италию и умер 29 января 1909 г. во Флоренции, как указано в недавно найденном свидетельстве о смерти, согласно этому документу, фотограф умер неженатым.