В 379 году получил власть над восточной частью Римской империи как соправитель императора Грациана, в 394 году стал править всей Римской империей единолично. После его смерти в 395 империя окончательно разделилась на западную часть и восточную, получившую в современной историографии название Византия. Феодосий выбрал и утвердил законом никейскую формулу христианства (чем прекратил господство арианства) в качестве единой государственной религии империи. Он стал преследовать (без жестоких репрессий) другие религиозные течения в христианстве (ереси) и запретил языческие культы, в результате чего после 393 года прекратилось празднование Олимпийских игр. Деятельность императора Феодосия определила направление религиозного развития Европы, за что он удостоился от христианских писателей эпитета Великий.
Флавий Феодосий родился ок. 346 года в испанском городе Кавка в провинции Галисии (совр. город Кока в Сеговии). Аврелий Виктор сообщает, что Феодосий происходил из рода прославленного императора Траяна. Его родителями были Фермантия (Терманция) и римский полководец Феодосий.
Феодосий старший дослужился до поста командующего конницей (magister equitum praesentalis) при императоре Валентиниане. Аммиан Марцеллин характеризует его как человека, «доблести которого в ту пору выделялись своим блеском среди других как недосягаемые». В последние годы он подавлял восстание местных племён во главе с Фирмом II в Северной Африке, однако в 375 году был обвинён в измене и казнён в 376.
Будущий император Феодосий, как полагают историки, начал военную службу под началом своего отца и участвовал с ним в экспедиции в Британию, чтобы подавить там восстание племён пиктов и скоттов. В 374 году он занимал пост командующего войсками в придунайской провинции Мезия (dux Moesiae Primae), где успешно сражался с сарматами:
По словам историка V века Зосимы именно победы над сарматами принесли Феодосию впоследствии императорские регалии. После казни отца Феодосию пришлось искать убежище, однако вскоре в 376 году он занимает пост командующего войсками в балканской провинции Иллирик (magister militum per Illyricum), где снова отражает набеги сарматов. С этой должности через 3 года император Грациан призвал Феодосия на императорский трон Восточно-Римской империи.
По средневековой церковной хронике Георгия Амартола Феодосий после смерти отца был сослан на родину в Испанию, где тихо жил, пока император Валент перед гибелью не попросил Грациана прислать ему Феодосия.
В результате восстания племён готов в 377 году территория Фракии и Мезии стала ареной борьбы между варварскими племенами и союзными силами Западной и Восточной частей Римской империи. 9 августа 378 года под Адрианополем (совр. турецкий Эдирне) готы под предводительством вождя Фритигерна полностью разгромили римскую армию, убив в сражении императора Восточно-Римской империи Валента. Его племянник, император Западно-Римской империи Грациан, в это время подходил на помощь дяде, но после смерти Валента остался на территории совр. Сербии, стараясь не допустить прорыва варваров с Балкан в Италию.
По заведенному в империи порядку Грациан должен был назначить соправителя для управления Восточной частью Римской империи, причем в виду сложившейся обстановки желательно из числа людей, обладавших военными талантами. Своему формальному соправителю в Западной империи, малолетнему брату Валентиниану, Грациан не рискнул доверить власть над Востоком. По мнению историка David Woods у Грациана фактически не было выбора, поскольку все его полководцы, судя по именам, были родом из варваров, и только командующий войсками в Иллирике Флавий Феодосий происходил из благородной римской семьи.
19 января 379 года в Сирмии (совр. Сремска-Митровица в Сербии) Грациан провозгласил Феодосия императором Восточной Римской империи.
Феодосий близ Сирмия одержал победу над готами, затем боевые действия протекали без больших генеральных сражений. Зосима рассказал об одной из побед римлян. Военачальник Феодосия Модарий, происходивший из «царственной скифской семьи» (вероятно гот), дождался в засаде, когда варвары опьянели и отяжелели от пиршества. Затем он приказал своим воинам атаковать их лагерь налегке с одними только мечами. Варвары в течение короткого времени были перебиты, римляне захватили 4 тысячи повозок и столько пленных, что заполнили ими все эти повозки.
Почти через 2 года после назначения императором Феодосий покинул Фессалоники, откуда руководил войной с готами, и вступил 24 ноября 380 года в свою столицу Константинополь, после чего основное внимание уделял церковной политике и дипломатической работе с готскими вождями. Он привлек в армию многих варваров, разрешив им свободно покидать её ряды и вступать обратно по желанию. Хотя численность войск восстановилась, их дисциплина и управляемость значительно снизились. Зосима сообщает, что Грациан послал Феодосию на помощь войска во главе с франками Баудоном и Арбогастом, которые выдавили банды варваров из Македонии и Фессалии обратно во Фракию. Это улучшило положение Восточной Римской империи и склонило готов к переговорам.
В январе 381 года Феодосию удалось заключить союз с готским вождём Атанарихом, однако последний через 2 недели скончался в Константинополе. Похороны вождя Феодосий превратил в пышную церемонию, надеясь завоевать расположение варваров. 3 октября 382 года Феодосий заключил мирный договор, по которому готы поселились как федераты империи в Нижней Мезии и Фракии (территория совр. Болгарии). Эта дата считается окончанием римско-готской войны.
После заключения мира с готами, Феодосий обратил внимание на Восток. На владения империи в Сирии, воспользовавшись ситуацией, совершали набеги сарацины. В 383 году полководец Феодосия Рихомер нанёс им поражение, после чего ряд арабских племён в качестве федератов охраняли границы империи на этом направлении.
Борьба за власть в Персидской державе значительно ослабила главную угрозу для империи на Востоке, к тому же Феодосию удавалось поддерживать хорошие отношения с меняющимися персидскими царями. Чтобы окончательно устранить потенциальный источник раздора на границе, в 387 году Феодосий достиг с персами соглашения по разделу Армении на сферы влияния. Западная часть Армении отошла под управление царя Аршака, а восточная осталась во владении царя Хосрова.
В это время сменилась власть в Западной Римской империи. В 383 году командующий римской армией в Британии Магн Максим высадился в Галлии, узурпировав там власть. Римский император Грациан в ходе смуты был убит. Его младший брат-соправитель Валентиниан стал соправителем Максима, владея Италией и провинциями в Африке и на Балканах. Феодосий был вынужден признать императорский титул Максима вслед за признанием Максима Валентинианом.
Летом 387 года Максим послал войска в северную Италию, вынудив императора Валентиниана бежать в Фессалоники под покровительство Феодосия. Политическая заинтересованность императоров друг в друге укрепилась браком Феодосия на Галле, сестре Валентиниана, в том же году. Первая жена Феодосия, Флацилла, к этому времени скончалась.
В 388 году началась война против Максима. Римский наместник в Северной Африке Гильдон захватил Сицилию, оттянув часть сил Максима на южный театр боевых действий. Соединённое войско Феодосия и Валентиниана разбило армию Максима в Сисции и Поэтовионе (на реке Сава), затем подошло к восточным Альпам. Альпийские проходы на север Италии охранял военачальник Максима Андрагаций, который возвёл укрепления и занял все возможные места переправ через реки. Андрагаций решил совершить морской рейд, чтобы внезапно напасть на противника, но Феодосий воспользовался этим и без сопротивления преодолел Альпы, оставленные без должной защиты.
Максим был захвачен в Аквилее и казнён там же 28 августа 388 года. Андрагаций, узнав о смерти Максима, бросился с корабля в море.
До возвращения в Константинополь Феодосий оставался в Италии более 3 лет, сделав своей резиденцией Медиолан.
В течение 3-летнего пребывания в Италии Феодосий оказался под духовным влиянием епископа Медиолана Св. Амвросия.
В 390 году произошли волнения в крупнейшем городе Македонии Фессалониках. Командующий войсками в провинции Иллирик Ботерих посадил в тюрьму популярного в народе колесничего за бытовую провинность. Толпа местных жителей потребовала освободить его как человека, необходимого для предстоящих скачек, а когда Ботерих отказался, они убили его, забросав камнями. Погибли также другие представители имперской администрации. Феодосий, расценив это как мятеж, приказал перебить заранее определённое число горожан. Погибло по разным свидетельствам от 7 до 15 тысяч жителей.
Когда после этих событий Феодосий хотел помолиться в церкви, Св. Амвросий не пустил его за порог, обвиняя в убийстве невинных и требуя покаяния. Только спустя 8 месяцев епископ простил императора, заставив того принять закон, по которому утверждение смертных приговоров откладывалось на 30 дней после вынесения приговора.
Феодосий вернулся в Константинополь 10 ноября 391 года. После ухода Феодосия из Италии фактическую власть в Западно-Римской империи осуществлял не император Валентиниан, а его главнокомандующий войсками франк Арбогаст. Попытки Валентиниана отстоять свои полномочия привели к конфликту, в результате которого 15 мая 392 года он был убит при неясных обстоятельствах. Не дожидаясь решения Феодосия, 22 августа Арбогаст возвёл на императорский престол своего ставленника, начальника имперской канцелярии Евгения.
Феодосий отказался признавать легитимность Евгения и летом 394 года двинул армию в Италию. 6 сентября 394 года в предгорьях восточных Альп на реке Фригид (на границе совр. Словении с Италией) состоялось генеральное сражение. Передовой отряд войска Феодосия из 10 тысяч готов был полностью истреблён Арбогастом, что современники сочли скорее благом, чем потерей. По Зосиме Евгений к исходу дня после окончания сражения стал преждевременно праздновать победу. Полководец Арбогаста Арбицион перешёл на сторону Феодосия, что возможно стало решающим фактором в разгроме узурпатора. Внезапно воины Феодосия прорвались в лагерь западных римлян к палатке императора-узурпатора. Евгений был схвачен и немедленно обезглавлен, его голову на пике показали его войскам, которые в массе своей перешли на сторону Феодосия. Арбогаст бежал в горы, за ним выслали погоню, и он закололся, чтобы избежать пленения.
На несколько месяцев Феодосий стал фактическим правителем единой Римской империи. В Риме он провозгласил сына Гонория императором, отменил через сенат ряд древних языческих церемоний и собирался вернуться в Константинополь, где на время своего отсутствия оставил править старшего сына Аркадия.
17 января 395 года Феодосий Великий скончался от водянки в Медиолане. Его забальзамированное тело в том же году было доставлено в Константинополь для погребения.
Перед смертью Феодосий успел осуществить мирный раздел наследия Римской империи между сыновьями. Старшему Аркадию досталась Восточная часть со столицей в Константинополе, которая в современной историографии получила название Византия. Младшему Гонорию отошла Западная часть Римской империи. 10-летнего императора Гонория Феодосий поместил под опеку доверенного полководца Стилихона, которого за 8 лет до того женил на своей племяннице Серене.
С 395 года греческая восточная и латинская западная половины империи больше никогда не соединялись под единым управлением. Западная часть империи развалилась под натиском варваров спустя 80 лет, а Византия более тысячелетия сохраняла преемственность традиций Римской империи.
Феодосий порвал с установленной императором Константином религиозной системой, которая в целом сохраняла нейтралитет государства по отношению к разнообразным культам и исповеданиям граждан империи. При Феодосии догматы христианства начали фиксироваться не в результате свободного обсуждения в церковных кругах, а утверждались правительственными указами.
Император Феодосий канонизирован в лике святого, день памяти в православной церкви отмечается 17 (30) января.
Феодосий происходил из христианской семьи, но по словам Сократа Схоластика был крещён во время болезни епископом Фессалоник Асхолием только в 380 году.
28 февраля 380 года, спустя год после провозглашения императором, Феодосий в Фессалониках (в период войны с готами) издал основополагающий эдикт de fide catholica («о католической вере»). Была объявлена в качестве допустимой для подданных империи христианская вера исключительно в форме, зафиксированной на Никейском соборе:
Через год в январе 381 года был выпущен новый эдикт с уточнением фессалоникского постановления. Победа "никейцев" была закреплена идеологически на Константинопольском соборе (Втором Вселенском) в июле 381 года, а затем поддержана административно запретом возглавлять церкви епископам неникейской ориентации.
Арианство и другие течения в христианстве, отличные от Никейского Символа веры, объявлялись ересями, и подлежали преследованию государством. Хотя арианских убеждений продолжали придерживаться множество жителей империи, им запрещалось иметь свои церкви и собираться в населенных пунктах. Репрессии направлялись в основном против некоторых представителей клира еретических течений. В 388 году, воспользовавшись уходом Феодосия на войну с Магном Максимом, ариане устроили волнения в Константинополе, но Феодосий ограничился лишь предупреждением в их адрес.
Никейская формула веры, поддержанная Феодосием, стала официально называться кафолической (то есть букв. вселенской). Однако религиозный вопрос не был окончательно разрешён, теологические споры о природе Христа и сути веры продолжились с новой силой в 1-й половине V века.
Первые императоры-христиане развернули борьбу с некоторыми языческими традициями (в частности, смертью каралось обращение за прорицаниями), но только при Феодосии государство поставило целью искоренить языческие культы и религии. Как замечено в «Пасхальной хронике»: «Прославленный Константин, процарствовав, только запер святыни и храмы эллинов, а этот Феодосий — уничтожил [их]…»
В 381—385 годах рядом указов запрещены были под страхом смертной казни жертвоприношения и предписано уничтожение языческих храмов. Эдикт 391 года нанёс очередной удар язычеству, установив тяжёлые штрафы за поклонение старым богам:
В 392 христиане под руководством воинствующего патриарха Александрийского Феофила разрушили культовый центр Александрии Серапеум, включая храм бога Сераписа и библиотеку. Феодосий запретил изучение и преподавание математики, хотя и до его указа с конца III века эта дисциплина связывалась с магией и колдовством, и занятия ею жестоко карались.
В 393 году в последний раз отмечались Олимпийские игры, которые были главным спортивным праздником в Древней Греции на протяжении более чем 11 веков. В литературе иногда связывают прекращение игр с указом Феодосия, но последний его известный эдикт по борьбе с язычеством датируется 392 годом и там нет указания на запрет Олимпийских игр. Феодосий не запрещал состязания вообще (Сократ Схоластик заметил, что Феодосий скончался в день, когда проводились конские бега), но наложил определенные ограничения, которые и сделали невозможным проведение греческих Олимпиад.
Укрепление христианства при Феодосии не сопровождалось тотальным уничтожением инакомыслия, характерным для Средних веков. Продолжала существовать знаменитая философская школа в Афинах. В Александрии христиане с интересом изучали классическую античную философию без ущерба для своего религиозного чувства. Знатные сенаторы в Риме продолжали традиционно придерживаться языческих воззрений, хотя без возможности публично исполнять прежние церемонии.
Фактически практика язычества продолжалась внутри отдельных семей или в глухих углах империи; празднества языческих культов переплелись с христианскими обрядами и обычаями, открывая дорогу новому синкретизму.
Нехристианские авторы той эпохи связывали с отменой жертвоприношений и других языческих церемоний последовавший вскоре упадок Римской империи.
Наиболее подробно о внешности и личности Феодосия рассказал римский историк Секст Аврелий Виктор:
Нехристианский историк V века Зосима, следуя за своим источником Евнапием, был настроен критично к гонителю язычников Феодосию. По его словам император обожал роскошь, окружил себя большой свитой и бездумно тратил казну. Чтобы поправить финансы, он продавал управление провинциями любому человеку, предложившему наивысшую цену.
У Феодосия были сестра и брат Гонорий, которые рано умерли. Феодосий взял на воспитание их детей; дочерей брата Ферманцию и Серену он выдал замуж за своих военачальников. Серена в 387 стала женой будущего главнокомандующего войсками Западно-Римской империи Стилихона, сенат Рима казнил её в 408 году по подозрению в сговоре с вождем готов Аларихом.