Будучи младшим сыном герцога Козимо Медичи и Элеоноры Толедской, Фердинанд не предназначался для герцогского трона и уже в 14 лет получил титул кардинала без принятия священнических обрядов (кардинал-мирянин). Проведя свою молодость в Риме, он собирал итальянские древности на построенной им же вилле Медичи, когда внезапная смерть его бездетного брата Франческо сделала его наследником всей Тосканы. Вступив на тосканский престол, он оставался одновременно кардиналом, но отказался от титула, когда через два года он вступил в брак с внучкой Екатерины Медичи, Кристиной Лотарингской.
Фердинанд выказал незаурядную проницательность, поддержав Генриха Наваррского ссудами ещё в то время, когда тот возглавлял антикатолическую партию. С вступлением Генриха на французский престол он направил свой флот в бухту Марселя, где овладел замком Иф, на который покушались также испанцы. Эта выходка привела к размолвке Фердинанда с французским королём, но в знак примирения тот женился (в 1600 г.) на его племяннице, Марии Медичи. Чтобы успокоить императора насчёт этого союза с Бурбонами, Фердинанд устроил брак своего наследника с австрийской принцессой и направил свои войска в Эгейское море и в Африку на помощь австрийцам в их войне с турками.
Мудрая внешняя политика Фердинанда способствовала торговому подъёму Тосканы и укреплению её финансов. Столь же взвешенно он расходовал свои богатства, отдавая приоритет осушению болотистой местности на востоке страны и превращению захолустного Ливорно в значительный торговый порт Средиземноморья. Среди искусств он особенно выделял музыку, и неудивительно, что при его дворе были поставлены первые во Флоренции оперы.