Фердинанд был вторым сыном императора Священной Римской империи Леопольда II и Марии Луизы, инфанты Испанской.
Он унаследовал от отца великое герцогство Тосканское в 1790 году.
Усилиями англичан он выступил против Франции, за это его земли в 1796 году были оккупированы армией Наполеона Бонапарта, а в 1799 году окончательно завоеваны. Он правил Тосканой до 1801 года, когда Наполеон превратил его герцогство в королевство Этрурии и отдал своей сестре Элизе. В компенсацию Фердинанд получил Зальцбургское курфюршество.
По Пресбургскому миру 1805 года Фердинанд был вынужден уступить Зальцбург, но получил созданное для него великое герцогство Вюрцбург. Он оставался правителем в нем до падения Наполеона в 1814 году, после чего вновь вернулся в Тоскану.
Умер во Флоренции в 1824 году, ему наследовал его сын Леопольд.
С 1790 года был женат на Луизе Марии Бурбон-Сицилийской (1773—1802), дочери Фердинанда I и Марии Каролины Австрийской. Дети:
В 1821 году Фердинанд женился во второй раз на Марии Фердинанде Саксонской (1796—1865), детей у них не было.