Ещё при жизни отца, в 1625 году, он был коронован королем Венгрии, а в 1627 году и королем Богемии, тем не менее император совсем не давал ему активно вмешиваться в дела. Только в последние годы жизни отца, особенно после смерти Валленштейна, Фердинанд III выступает на поприще политической деятельности.
В 1634 году, во время Тридцатилетней войны он нанёс шведам решительное поражение при Нёрдлингене (6 и 7 сентября), после чего его войска страшно разграбили Вюртемберг и другие земли, попавшие им в руки.
Фердинанд в 1637 году занял императорский престол по смерти отца, вполне беспрепятственно, отчасти благодаря популярности, которую он снискал себе Нердлингенской победой. Он меньше подчинялся иезуитам, нежели его отец, но тем не менее, несмотря на желание окончить бесконечную и разорительную войну, долго не соглашался даже на самые скромные уступки протестантам.
В 1647 году Фердинанд чуть не попал в плен к шведскому предводителю партизанов-наездников Гельмгольду Врангелю, его успели спасти с большим трудом.
В 1648 году Фердинанд наконец согласился на заключение Вестфальского мира, даровавшего известные права протестантам (реформатам и лютеранам). Освободить свои владения от бродивших там и сям военных и разбойничьих шаек Фердинанду удалось лишь в 1654 году. Царствование его во внутренней истории империи прошло бесследно. Он был даровитым музыкантом и композитором.
В 1631 году женился на Марии Анне Испанской, младшей дочери короля Филиппа III. Дети:
В 1648 году Фердинанд женился второй раз на Марии Леопольдине, эрцгерцогине Австрийской, дочери Леопольда V. Имели одного сына:
В 1651 году он женился на Элеоноре Гонзага, дочери Карла II Гонзага. Дети: