Ференц II Ракоци родился в деревне Борши (теперь Кошицкий край, Словакия) в семье наследного правителя Трансильвании Ференца I Ракоци и Илоны Зрини, племянницы Миклоша Зрини. Внук трансильванского князя Дьёрдя Ракоци II и хорватского бана Петра Зрини.
Отец Ференца II умер, когда тот был ещё младенцем, поэтому австрийский императорский совет при Леопольде I добился предусмотренного завещанием Ференца I Ракоци предоставления себе прав на опеку над малолетним наследником трансильванского престола, чтобы устранить потенциальный оплот сопротивления подчинению установления власти династии Австрийских Габсбургов над Венгрией. Тем не менее, Илона Зрини сохранила за собой опеку над сыном при верховной опеке со стороны Леопольда I.
Детство Ференца Ракоци прошло в замках Мункача, Шарошпатака и Регеца, однако после смерти бабушки Софии Батори с 1680 года семья Ракоци окончательно осела в Мукачевском замке, который позже станет оплотом повстанцев во главе с ним и к которому Ракоци питал особенно тёплые чувства на протяжении всей жизни. Воспитывался юный потомок трансильванских правителей в иезуитских школах.
Второй муж Илоны Зрини, «король куруцев» Имре Тёкёли, не вмешивался в воспитание её детей, занимаясь по преимуществу борьбой за сохранение суверенитета Трансильвании. Однако разгром турок под Веной в 1683 году усилил недоверие Османской империи к трансильванскому князю, и Тёкёли даже был готов отправить приёмного сына в качестве заложника в Стамбул, однако Илона Зрини воспрепятствовала такому решению.
В 1686—1689 годах Ференц Ракоци пребывал с матерью в осаждённом австрийскими войсками Мукачеве. Хотя первоначально Илоне Зрини удавалось стойко оборонять замок, но к 1689 году силы его защитников иссякли, и после капитуляции она с детьми была отправлена в Вену, которую могли покинуть только с позволения императора. После подписания Карловицкого мирного договора 26 января 1699 года Тёкёли и Зрини были высланы из страны, а сам юный Ракоци остался при императоре.
С 1692 года Ференц II Ракоци был ишпаном (управляющим) Шарошского комитата. В это время остатки поддерживавших Тёкёли крестьян подняли новое восстание и даже завладели крепостями Токая, Патака и Уйгея. Тем не менее, сам ишпан не одобрил неорганизованности стихийного крестьянского движения и был вынужден поспешно выехать в Вену, чтобы опровергнуть сомнения в его лояльности к императорскому двору. Тем не менее, на самом деле, Ракоци пришёл к выводу о необходимости восстановления суверенитета упразднённого в 1526 году независимого Венгерского королевства и стал подумывать об организации вооружённого выступления против Габсбургов. С этой целью он заручился полной поддержкой третьего по размерам своих земельных владений феодала страны, образованного землевладельца Миклоша Берчени, чьи наделы граничили с землями Ракоци и включали город Ужгород (Унгвар).
Накануне Войны за испанское наследство в 1697 году Ференц Ракоци уже был среди участников антиавстрийского заговора, поддерживая контакты с французским королем Людовиком XIV, который готовился к военному конфликту с Австрией. После раскрытия заговора благодаря перехвату переписки между Ракоци и французами австрийским шпионом молодой венгерский аристократ 18 апреля 1700 года был заключён австрийскими властями в крепости Винер-Нойштадт (Бечуйхей) неподалёку от Вены. Ракоци грозила неминуемая казнь, однако в 1701 году ему удалось убежать в Польшу, где он встретился с Берчени и представителями Франции.
В 1703 году большинство австрийских войск было отведено из Венгрии и Трансильвании для участия в Войне за испанское наследство, и в окрестностях Мукачева была собрана новая армия повстанцев-куруцев, набранная преимущественно из венгерских и русинских крестьян Закарпатья, требовавших ликвидации феодального и иноземного гнёта. Куруцы обратились за помощью к Ференцу II Ракоци, и на этот раз тот согласился возглавить крестьянское восстание в силу благоприятной внешнеполитической ситуации. Сочтя момент подходящим для начала борьбы за свободу, Ференц II Ракоци возвратился в северо-восточную Венгрию, где 7 июня 1703 года призвал к восстанию против правления Габсбургов.
В минимальные сроки Ференцу II Ракоци удалось создать регулярную армию, основанную на базе сил восставших против своих господ крестьян (практически вся венгерская знать отказалась поддержать Ракоци). 15 июня 1703 года у Лавочного к силам повстанцев присоединились трёхтысячные части Тамаша Эсе, а вскоре их силы пополнились 600 отборных польских наёмников под командованием Берчени. К нему присоединялись значительные силы крестьян, и к сентябрю 1703 года вся Венгрия до Дуная была освобождена от австрийцев. На освобождённых территориях Ракоци оказывал содействие развитию экономической жизни, особенно ремесла и торговли.
Однако в 1704 году при баварском Хёхштедте (Гохшедте) австрийцам и англичанам удалось победить силы французов и баварцев, что позволило бросить против повстанцев новые силы австрийских лабанцев. Несмотря на вызванное этим событием сокращение французской финансовой помощи, до июля 1704 года поддержка славянского и румынского населения позволила борцам за независимость Венгрии освободить от габсбургских войск всю Трансильванию, а до декабря 1705 года — весь Задунайский край. Более того, под влиянием военных успехов повстанцев к ним примкнула значительная часть дворянства, не разделявших социальных требований куруцев, но также недовольных нахождением на венгерском престоле чужеземца. При поддержке знати в 1704 году Ракоци был избран князем восстановленного княжества Трансильвания.
В сентябре 1705 года сословное Национальное (Государственное) собрание в ноградском городке Сечень (sz?cs?nyi orsz?ggy?l?s) отказалось утвердить императора Иосифа I венгерским королём, провозгласив взамен создание конфедерации во главе с Ференцом II Ракоци для восстановления независимости страны. Одновременно создавался и новый государственный аппарат для восстановленного Венгерского государства: были созданы органы исполнительной власти — Сенат и Экономический совет, — а также регулярная армия Венгрии.
13 июня 1707 года Государственное собрание в Оноде утвердило предложенный Ференцом Ракоци закон о детронизации Габсбургов с венгерского престола. Так как Франция была не в состоянии оказывать систематическую помощь сражающейся Венгрии, в дипломатическом арсенале Ференца Ракоци оставалось лишь одно дружественно настроенное по отношению к венгерскому национально-освободительному движению государство — Россия. В сентябре 1707 года представителями Ракоци был подписан тайный договор с послами Петра I Великого, и страны обменялись послами. Однако военно-политический союз между Венгрией и Россией остался не реализованным на практике: вторжение Карла XII на территорию Речи Посполитой и Российского государства сковало все силы Петра I на полях боёв Северной войны.
Кроме всего прочего, после 1707 года ослабела и внутренняя база куруцев: несмотря на принятие Национальным собранием в декабре 1708 года закона об освобождении от крепостной зависимости участников освободительной войны, крестьянство несколько снизило свою активность в борьбе за независимость движения. 3 августа 1708 года в сражении у словацкого города Тренчин Ференц II Ракоци был серьёзно ранен при падении с лошади. Считая, что их руководитель мёртв, куруцы обратились в бегство. Столь серьёзное поражение в сражении с габсбургскими войсками, а также последовавшая победа лабанцев в январе 1710 года у Ромханя заставили Ракоци отводить свои силы на северо-восток, к Сатмару и Мукачеву, где он пользовался сильнейшей поддержкой.
Не доверяя заверениям посла императора Яноша Пальфи в амнистии, Ференц II Ракоци 21 февраля 1711 года покинул страну и направился в Польшу (незадолго до этого после отречения Августа II Фредерика он выдвигал свою кандидатуру на польский престол), стремясь добиться помощи от России и Франции и поручив верховное главнокомандование венгерскими войсками барону Шандору Каройи.
Однако дворянство склонялось к компромиссу и миру с Габсбургами, соответственно, сам главнокомандующий повстанческой армией барон Шандор Каройи без согласия руководителя венгерского национально-освободительного движения вступил в тайные переговоры с командующим австрийскими войсками графом Пальфи, окончившиеся изменническим мирным договором, заключенным 30 апреля 1711 года в Сатмаре (ныне — Сату-Маре в Румынии). Через два дня, 1 мая 1711 года основные силы куруцев в 12 000 человек капитулировали на Надьмайтенском поле у Сатмара. Несмотря на официальную капитуляцию, мужественные защитники последней из находившихся под контролем куруцев крепостей — Мукачевского замка в Закарпатье — оборонялись вплоть до своей сдачи габсбургским войскам 22 июня 1711 года.
До ноября 1712 года Ференц Ракоци скрывался в Данциге под именем графа Шароши. Некоторое время он жил в Российском государстве, надеясь на военную поддержку Петра I, затем выехал в Англию, но не был допущен королевой в страну, поэтому с 1712 года находился во Франции, а 10 октября 1717 году высадился в Галлиполи на турецком побережье с целью поселиться в Стамбуле. Пытался с помощью Османской империи восстановить свою власть в Трансильвании, но заключение австрийско-турецкого договора перечеркнуло надежды Ракоци. Переводчиком Ракоци в Турции был Ибрахим Мутеферрика — мусульманин венгерского происхождения, первопечатник исламского мира.
В Турции Ференц II Ракоци работал над своими «Мемуарами о венгерской войне».
Ференц II Ракоци умер в городе Родосто (теперь Текирдаг, Турция). 29 октября 1906 года прах Ференца II Ракоци был перенесён на родину, в Кошице, и захоронен в крипте собора Святой Елизаветы.