Кнопф вырос в Брюгге, позднее переехал с родителями в Брюссель и по настоянию своего отца сначала изучал юриспруденцию, но вскоре перевёлся в брюссельскую Академию художеств, где и началась его карьера как пейзажиста и портретиста. Его учителем был Ксавьер Меллери. В 1877 г. он побывал в Париже, где на него большое впечатление произвёл Эжен Делакруа, в Англии он познакомился с прерафаэлитами. В 1878 г. на Всемирной выставке в Париже он познакомился с художником Гюставом Моро и в последующем обратился к символизму. Он считается одним из основателей группы Groupe des XX. В 1892 г. работы Кнопфа участвовали в салоне Salon de la Rosenkreuzer|Rose-Croix, а также в выставке Венского сецессиона. Несмотря на свою замкнутость, со временем Кнопф получил признание и почёт. Позднее он даже получил бельгийский Орден Леопольда.
В своих живописных работах Кнопф выбирает тёмные слегка морбидные тона, которыми он удерживает на холсте мистические фантазии. В первую очередь Кнопф оказал влияние на немецкий символизм, например, на Франца фон Штука, и югендстиль. На картинах Кнопфа часто встречаются женские образы в виде сфинксов и химер: «Спящая гарпия», «Одиночество» (1894) и «Искусство, или нежность сфинкса» (1896). Фернан Кнопф также писал портреты и пейзажи и создавал иллюстрации к произведениям других художников-современников.
Искусство, или нежность сфинкса. 1896. Королевский музей изящных искусств. Брюссель
Воспоминания. 1889. Королевский музей изящных искусств. Брюссель