Фернандо Белаунде родился в Лиме в семье потомков испанских аристократов. Во время правления диктатора Аугусто Легии его семья подверглась репрессиям и сильному давлению со стороны властей из-за их оппозиции по отношению к диктатору и его семья была вынуждена выехать во Францию в 1924 году, где Фернандо Белаундо получил среднее и начальное университетское образование. С 1930 по 1935 год Белаунде изучал архитектуру в США, сначала он посещал Университет в Майями где преподавал его отец, в 1935 году получил учёную степень в Остинском Университете. После обучения он уехал в Мексику и работал недолгое время архитектором до своего возвращения в Перу в 1936 году. В Перу он начал профессиональную карьеру, проектировал частные дома, в 1937 году основал журнал «Arquitecto Peruano» (Перуанский архитектор). Позже Белаунде вступил в Ассоциацию Архитекторов Перу и Институт Урбанизма Перу.
Вскоре Белаунде стал правительственным консультантом по проблеме жилищного строительства и начал преподавать архитектуру в Лиме. Позже он стал деканом отдела Гражданского строительства и Архитектуры.
Политическую карьеру Белаунде начал в 1944 году как один из создателей партии Национальный Демократический Фронт, которая успешно привела к власти Хосе Бустаманте в 1945 году. С 1945 года он заседал в перуанском парламенте до переворота организованного Мануэлем Одриа в 1948 году.
В 1956 году Белаунде баллотировался на пост президента, но диктатором был поддержан Мануэль Прадо который и победил на выборах. Белаунде опять оказался в оппозиции, и основал новую партию Народное Действие логотипом которой стала лопата помещённая в цвета флага Перу символизируя тем самым профессию архитектора. Во время президентства Прадо Белаунде проводил активную политику против правительства, совершил множество поездок по стране с поддержкой своей партии.
В 1962 году Белаунде вновь баллотировался на пост президента, на этот раз от своей партии Народное Действие, но он занял второе место после Виктора Рауля Айя де ла Торре от партии АПРА. Но несмотря на первое место Виктору Раулу Айя де ла Торре не набрал необходимой трети голосов для победы и будущего президента по конституции должен был определить Конгресс. Де ла Торре вступил в союз с Мануэлем Одриа, по договору между ними партии АПРА и Национальный Союз Одристов должны были проголосовать за Одриа, но этим планам не суждено было сбыться поскольку за десять дней до окончания президентского срока Мануэля Прадо и прихода нового президента перуанские военные во главе с Рикардо Перес Годоем совершили переворот, свергли президента и захватили власть.
Страной стала править военная хунта, после очередного переворота и смещения Рикардо Переса Годоя с поста главы правительственной хунты Николасом Линдлеем были проведены свободные выборы на которых победил Белаунде всего с пятипроцентным перевесом над ближайшим соперником.
Президентство Белаунде считают довольно успешным, одной из важных его заслуг считают строительство важного шоссе от города Чиклайо к Тихоокеанскому побережью связавшее важнейшие отдалённые районы страны с центром.
Во время его президентства были осуществлены ряд ирригационных проектах, а также построено несколько гидроэлектростанций.
В августе 1968 года администрация Белаунде заявила об урегулировании давнего спора с компанией «Стандарт Ойл оф Нью-Джерси» (сейчас бренд принадлежит ExxonMobil). Но у перуанской общественности вызвал гнев факт выплаты компании компенсации что вынудило правительство уйти в отставку. Ещё большей причиной гнева стала пропавшая страница договора с компанией в которой содержалось обещание выплат, страница с подписью Белаунде была найдена и показана по телевидению. Несколько дней спустя Белаунде был отстранён от власти в результате военного переворота.
После переворота следующие десять лет Белаунде провёл в Соединённых Штатах преподавая в Гарварде и других университетах. В Перу тем временем властвовал генерал Веласко, установленный им режим довёл экономику страны до глубокой депрессии и военная администрация была вынуждена провести в 1980 году президентские выборы для восстановления конституционного права. Белаунде победил на выборах набрав 45 процентов голосов соперничая с ещё пятнадцатью кандидатами.
Одним из первых действий Белаунде после второго пришествия во власть было возвращения отнятых военными издательств газет их законным владельцам, таким образом свобода слова была восстановлена в стране и ещё раз сыграла определяющею роль в политике Перу.
Старался исправить последствия аграрной реформы проведённой Веласко, и полностью изменил политику по отношению к США начав активное сотрудничество с этой страной в военной и не только сфере.
После начала Фолклендской войны между Аргентиной и Великобританией Перу выступило с заявлением о полной поддержке Аргентины направив на помощь несколько истребителей перуанских ВВС, а также несколько медицинских бригад и другие ресурсы. Правительство Белаунде предложило посреднические услуги для урегулирования военного конфликта, но Великобритания отвергла эту инициативу. После объявления Чили поддержки Великобритании Белаунде призвал страны Латинской Америки к единству.
Во внутренней политике Белаунде старался завершить все проекты начатые в первое президентство, такие как строительство дорог и ирригационные проекты.
С самого начала своего президентского срока Белаунде столкнулся со значительными экономическими трудностями и большой инфляцией что приводило к большому недовольству населения. Он также столкнулся с ростом подпольных террористических организаций расцвётших во время военной диктатуры и всё больше увеличившие своё влияние.
Экономические трудности, появившиеся во время военной диктатуры, увеличивались повысившейся активностью Эль-Ниньо в 1982-1983 годах, которая вызвала наводнения в одних районах страны и засуху в других, а также опустошила рыбные запасы, одну из главных статей экспорта Перу, у берегов страны.
Во время выборов 1985 года в федеральные органы власти партия Белаунде Народное Действие проиграла партии АПРА во главе с Аланом Гарсиа. Белаунде продолжил служить стране заседая в Сенате как «Senador Vitalicio» пост установленный по конституции 1979 года для бывших президентов, норма эта была отменена в 1993 году новой конституцией.
Фернандо Белаунде умер в Лиме в 2002 году в возрасте 89 лет. Государственные похороны устроенные для Беланде были самыми торжественными когда либо проводимыми для бывших президентов. Тысячи людей вышли на улице что бы отдать дань памяти очень уважаемому человеку в стране и считающегося отцом современной демократии Перу.