Ботеро родился в Медельине, Антьокия, Колумбия, Южная Америка, где Католическая церковь приняла барочный стиль. На протяжении своего детства Ботеро был изолирован от традиционного искусства, хранившегося в музеях и других культурных учреждениях. Когда Фернандо было четыре года, умер его отец.
В 1948 году в возрасте 16 лет Ботеро опубликовал свои первые иллюстрации в колумбийской газете El Colombiano и использовал полученные деньги на оплату за обучение в средней школе в лицее де Маринийя Антьокия.
В 1952 году Ботеро побывал в Боготе, где состоялась его персональная выставка в галерее Лео Матиса. Позднее в том же году он выиграл девятое издание Sal?n de Artistas Colombianos.